有分析指出，子宫内膜异位症患者卵泡成熟排卵率、受精卵在子宫内膜的种植率和妊娠率均低于没有子宫内膜异位症的妇女，而且重度子宫内膜异位症患者这些指标又比轻度子宫内膜异位症患者更低。结论是：子宫内膜异位症患者不孕的原因是多样的，除了盆腔解剖结构的异常，妇女卵子质量、受精卵成熟情况及受精卵在子宫内膜的种植情况都是不孕的重要原因。 诊断不孕的原因需慎重。因为不孕的妇女即使其他检查正常，如激素水平、精液分析都正常，当盆腔发现子宫内膜异位病灶，不意味着子宫内膜异位症就是不孕的原因。一些研究者提出完全相反的观点，认为轻中度子宫内膜异位症是偶然发现的，与不孕没有任何关系。 尽管存在分歧，多数人仍认为轻中度子宫内膜异位症会引起不孕。研究内容主要有以下3个方面：卵巢功能、生殖细胞的输送、免疫系统的改变。

教科书上已写明子宫内膜异位症与疼痛密切相关，但有些学者并不认可此种观点。 传统的观念认为盆腔有紫蓝色病灶或巧克力囊肿才能诊断子宫内膜异位症，但随着腹腔镜广泛应用于盆腔疼痛和不孕的妇女，发现子宫内膜异位症病灶还有多种类型，如红色病灶、白色病灶、腹膜缺损等。 腹腔镜的广泛应用证实子宫内膜异位症非常常见。没有疼痛的妇女，患有子宫内膜异位症的也很普遍，而且发现疼痛的程度与病灶的范围没有明显的相关性。现在人们越来越怀疑子宫内膜异位症是否真的与疼痛相关。 最近的两个新概念对传统观念提出了挑战：一是子宫内膜异位症完全可能不引起疼痛；二是子宫内膜异位症存在多种状态，最轻微的病灶临床很常见，因此可以认为其可能不是病灶。

中山医科大学第一附属医院随诊了4519例子宫内膜异位症患者12年，仅1例恶变，浙江医学院1981年～1999年工收治子宫内膜异位症患者2479例，恶变151例。占1%。现在国外报道的恶变率是0.7%～1.0%，国内有报道为1.0%～1.5%。长期随诊，恶变的平均时间为8年。事实上，临床恶变率的确存在一定困难，因为： 1) 子宫内膜异位症的确切发病率尚不确定，缺乏正规的大规模的流行病学调查。 2) 病理取材时主要针对恶性部分，可能会遗漏部分子宫内膜异位病灶。 3) 恶变的组织快速生长，破坏了原发组织。导致找不到组织学依据的结果。 4) 客观上存在大量未统计在内的保守治疗的患者 5) 由于病理医生认识不足，可造成部分病例误诊。 所以发病率只能反映某家医院或某个地区的情况普遍认为实际的发病率可能比报道的要高。