本病的治疗手段较多，临床决策需结合患者的年龄、症状及生育要求进行个体化选择。并且常常结合手术、药物等综合性治疗方案。
1，药物治疗
对症治疗：对于那些症状较轻，仅要求缓解痛经症状，尤其是近绝经期的患者，可以选择在痛经时予以非甾体抗炎药对症处理。因为异位的子宫内膜在绝经后会逐渐萎缩，所以此类患者在绝经后病痛就会得到解除而不需手术治疗。
假绝经疗法：GnRHa注射可以使体内的激素水平达到绝经的状态，从而使异位的子宫内膜逐渐萎缩而起到治疗的作用。此方法又称为“药物性卵巢切除”或“药物性垂体切除”。一般在用药3-6周体内的血清雌激素就达到去势水平，可使痛经缓解。并且应用GnRHa后可以使子宫明显缩小，可以作为一部分病灶较大、手术困难的患者术前用药。等到子宫变小后再手术，风险和难度会明显下降。但是GnRHa长期应用会出现更年期症状，甚至导致严重的心脑血管并发症及骨质疏松等，所以在应用GnRHa 3个月后建议反向添加雌激素以缓解并发症。另外GnRHa费用较高，每月需人民币1000-2000元左右，所以目前并不作为长期治疗的方案，一旦停药，月经恢复就可能导致病变的再次进展。所以目前GnRHa常作为术前缩小病灶以及术后减少复发的选择药物。
假孕疗法：部分学者认为口服避孕药物或孕激素可以使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩而起到控制子宫腺肌病发展的作用。部分患者选择上曼月乐在子宫局部持续释放高效孕激素以控制子宫肌壁间的内膜异位病灶。但也有部分学者认为子宫腺肌病异位的子宫内膜大多为基底层的子宫内膜，它们对孕激素不敏感。所以孕激素（口服避孕药及曼月乐）治疗子宫腺肌病的效果尚存在争议。
中医治疗：按照中医的理解，子宫腺肌病与瘀血内阻有关，而血瘀的形成又与寒凝、气滞、痰湿等致病因素有关。所以在治疗方面，既要以活血化瘀为原则，又要针对瘀血形成的原因及虚弱的程度，予以兼顾。
2，手术治疗
手术治疗包括根治手术和保守手术。根治手术即为子宫切除术，保守手术包括腺肌病病灶（腺肌瘤）切除术、子宫内膜及肌层切除术、子宫肌层电凝术、子宫动脉阻断术以及骶前神经切除术和骶骨神经切除术等。
子宫切除术：
适用于患者无生育要求，且病变广泛，症状严重，保守治疗无效。而且，为避免残留病灶，以全子宫切除为首选，一般不主张部分子宫切除。
子宫腺肌病病灶切除术：
适用于有生育要求或年轻的患者。因为子宫腺肌病往往病灶弥漫并且与子宫正常肌肉组织界限不清，因此如何选择切除的方式以减少出血、残留并利于术后妊娠是一个很困惑的问题。不同学者有不同的方案，目前并没有一个统一的术式。Takeuchi等报道腹腔镜下子宫病灶做横H形切口，可减少切除病灶时穿透宫腔的风险，将包绕病灶的肌层折叠缝合。王斌报道开腹行子宫肌层U型切除。Masato Nishida选择宫体中央纵形切除，术后未用辅助治疗，术后3个月可妊娠。
3，介入治疗
近年来，随着介入治疗技术的不断进步。选择性子宫动脉栓塞术也可以作为治疗子宫腺肌病的方案之一。其作用机制有：1，异位子宫内膜坏死，分泌前列腺素减少，缓解痛经；2，栓塞后子宫体变软，体积和宫腔内膜面积缩小，减少月经量；3，子宫体积不断缩小和平滑肌收缩，阻断引起内膜异位的微小通道，降低复发率；4，局部雌激素水平和受体数量下降；5，在位内膜侧支循环的建立，可由基底层逐渐移行生长恢复功能。Ravina等报道子宫动脉栓塞术治疗子宫腺肌症，月经量减少约50%，痛经缓解率达90%以上。王毅堂等报道128例子宫动脉栓塞术治疗子宫腺肌症患者中，有80例（62.5%）术后痛经完全消失，42例（32.8%）明显缓解，6例（5%）部分缓解。有21例在术后9～36个月正常怀孕并
分娩健康婴儿。
但是部分学者认为子宫动脉栓塞术会影响子宫及卵巢的血运，从而对妊娠有不利影响。可能会导致不孕、流产、早产并增加剖宫产率。
