碘酒又称碘酊，它是碘和碘化钾的酒精溶液。而碘伏是将碘溶于聚维酮中配制成的一种溶液。他们最主要的区别就在于碘伏的刺激性更小，毒性也比碘酒的小。碘酒在实际的使用中慢慢被淘汰，目前各大医院已经用碘伏替代了碘酒，碘伏成为主要的杀毒液。
碘酒和碘伏的区别主要还体现在功能上，由于碘伏是以水为溶体，对身体的刺激性小，用于皮肤、粘膜、伤口处不会产生负面影响。因此，碘伏比碘酒应用的范围更广。我们可以在家中常备一些碘伏，用于紧急情况。
碘伏是广谱的生物杀菌剂，碘伏的作用是可以杀灭细菌、真菌、病毒，它杀死细菌繁殖体时间可以用秒计算，一般情况，不到一分钟就能杀死各种细菌繁殖体，这样的效率是传统的消毒剂不能比的碘伏的杀菌强度也明显高于红药水、紫药水；其毒性低，对伤口几乎无刺激性，患者容易接受；外用皮肤不产生色素沉着，因此用后不需要用酒精脱碘；虽然其本身为黄棕色液体，但衣物沾染后易于清洗。
碘伏对于有机物（比如油、皂脂类等）有一定的对抗性，如果您遇到对这类物品的消毒，应该增加药物浓度，或是延长时间，以保证消毒效果。碘酒是游离状态的碘和酒精的混合物，其消毒作用的原理仍是游离状态的碘原子的超强氧化作用，可以破坏病原体的细胞膜结构及蛋白质分子。如使用得当，其结果非常可靠。但是，因为其强大的氧化能力，也可能造成皮肤组织的烧伤。所以要用酒精脱碘。
碘伏起杀菌作用的主要是碘原素本身，它可卤化菌体蛋白质，体酶失去活性，导致微生物死亡。故勿需乙醇脱碘。碘伏不仅有外伤消毒的作用，还可以用于家庭生活用品和食品，如草莓、葡萄等的水果的消毒，但在使用消毒水果时需用3O倍的水稀释，浸泡5-lO分钟，因为其稀释溶液性质不稳定应现用现配。
碘酊俗称碘酒，医学上一般称碘酊，是用于皮肤感染和消毒的消毒防腐剂，其作用机制是使菌体蛋白质变性，死亡，对细菌、病毒均有杀灭作用。碘酊的功能主要用作皮肤及注射前、手术部位的消毒，是家庭常备消毒药品。