原发性男性性病生殖器疱疹的潜伏期2～7天，原发危害是1个或多个小而瘙痒的红丘疹，敏捷成为小水疱，3～5天后可构成脓疱，破溃后构成溃烂、溃疡、结痂，伴有痛苦。皮损单发或交融，男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体或尿道口，常伴有发热、头痛、乏力、肌痛、腹股沟淋巴结肿大和压痛。表现继续 1～2周，通常3～4周皮损结痂、愈合。

复发性男性性病生殖器疱疹多在原发感染后1～4个月内复发。复发性生殖器疱疹的临床表现与原发性的类似，但表现轻，皮疹规模小，病程也短，通常在数日内可自愈。复发前1～2天，部分常有刺痒或烧灼感等前驱表现。临床上所见到的复发性生殖器疱疹病人绝大部分为男性。

直肠肛门疱疹病毒感染发生在男性同性恋者。病人肛门直肠痛苦，肛门有分泌物，粪便时有里急后重感。

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