功能性子宫出血鉴别诊断，首先需要与异常妊娠，或妊娠并发症相鉴别，比如流产，宫外孕，葡萄，胎盘，胎膜残留等，主要是结合B超检查以及化验血HCG。其次与生殖器的肿瘤相鉴别，比如子宫内膜癌，宫颈癌，绒毛膜癌，子宫肌瘤，卵巢囊肿等，主要是通过B超检查，结合肿瘤的病理检查来明确诊断。也与感染或者是全身性的疾病，比如肝肾功能衰竭，甲亢，甲减。还有放置宫内节育器，或者是选择应用激素类的药物不当导致的出血。

慢性盆腔炎：慢性盆腔炎的诊断：1.曾有急性盆腔炎病史或肺结核病史。2.临床表现可有不规则子宫出血，下腹坠胀，腰骶部不适，性交痛。3.检查有宫旁组织增厚及压痛或可扪及包块。4.血常规及血沉可能偏高。5.诊断性刮宫提示子宫内膜结核或慢性子宫内膜炎。6.B型超声波检查可见盆腔形态不规则、囊实不均的包块或积液。7.在腹腔镜下可发现内生殖器周围粘连、组织增厚、包块形成;术中取组织作病理检查可进一步确诊。8.分类诊断(1)慢性输卵管炎与输卵管积水①子宫一侧或两侧触及呈条索状增粗的输卵管，有压痛。②输卵管积水时，可在盆腔一侧或两侧触及囊性肿块，活动受限。③输卵管造影可显示输卵管闭锁或扩张。④输卵管积水时B超可见输卵管呈扩张的无回声区。(2)输卵管卵巢炎及输卵管卵巢囊肿①盆腔一侧或两侧扪及囊性肿物。②B超显示盆腔内见无回声区的囊性肿块。(3)慢性盆腔结缔组织炎子宫一侧或两侧有片状增厚感和压痛，严重的病人呈扇形增厚，坚硬达骨盆壁，形成冰冻骨盆，子宫固定不活动。鉴别诊断：慢性盆腔炎需与子宫内膜异位症、卵巢囊肿、结核性盆腔炎、卵巢癌以及陈旧性子宫外妊娠等鉴别。1.子宫内膜异位症多有继发性、进行性加重的痛经史，妇科检查若能触及典型触痛结节，或子宫两侧有包块，有助于诊断。B超、腹腔镜检查有助于鉴别诊断。2.输卵管积水或输卵管卵巢囊肿需与卵巢囊肿相鉴别，输卵管卵巢囊肿除有盆腔炎病史外，肿块呈腊肠形，囊壁较薄，周围有粘连;而卵巢囊肿一般以圆形或椭圆形较多，周围无粘连，活动自如。3.结核性盆腔炎多有其他脏器结核史、不孕史，腹痛常为持续性的，偶有闭经史及腹部包块。x线检查下腹部可见有钙化灶，包块位置较盆腔炎高。4.卵巢癌与慢性盆腔炎不同，卵巢癌包块为实质性，较硬，表面不规则，常有腹水，患者一般状态较差。B超及妇科检查有助于鉴别。5.陈旧性子宫外孕多有闭经史及异常阴道出血，患侧下腹痛。B超、妇科检查以及血p—HCG检查有助于鉴别。

正常来说，宫颈囊肿常常要与以下疾病鉴别诊断：
1.子宫颈病变：子宫颈病变也可伴发纳囊，宫颈TCT检查可以鉴别。
2.子宫颈糜烂：“宫颈糜烂”这个名词已沿袭多年，却是不正确的提法，在国外早已经被废除，国内新的教科书上也已摒弃这种提法，代之以“宫颈柱状上皮外移”。一般说来，鉴别子宫颈炎症即可。
3.子宫颈内膜异位症：子宫颈发现紫褐色结节，质地较硬，常伴痛经，与宫颈囊肿不同的是刺破后有褐色出血，病理可见子宫内膜异位症腺体。