第一种可能是，巧克力囊肿的诊断还不明确。巧克力囊肿诊断的“金标准”是通过腹腔镜手术，看到囊肿内含有巧克力样的液体，并在手术剥离囊肿后进行病理诊断，如此才能100%确诊。一般的B超诊断，只能做一个大概的评估。因此可能存在把一些生理性囊肿（生理性囊肿会随着月经周期而发生不同的变化，一般3-6个月会自行消退或缩小，达到自愈）误当成巧克力囊肿的情况。

第二种可能是，患者的巧克力囊肿本身很小（1-50px），在无意当中进行了一些治疗，比如口服避孕药。口服避孕药中含有高效孕激素，可抑制异位内膜的生长，因此，小的巧克力囊肿就可能萎缩掉。

第三种可能是，当囊腔内积血过多、压力过高（尤其月经前期或刚来月经时）、性生活等原因，可能导致囊肿破裂。

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