原发感染多为隐性，大多生殖器疱疹的症状是不明显的，仅有少数（约1-10%）可以出现生殖器疱疹的症状。主要见于免疫功能低下婴幼儿或严重营养不良或有其它感染的儿童，成人罕见。原发感染消退后，病毒可持续潜居体内。

生殖器疱疹的症状主要表现为口唇疱疹，咽炎，角膜结膜炎和散发性脑炎，而hsv-2感染主要引起生殖器疱疹，但在临床上也有相反情况。

生殖器疱疹的症状主要发生于生殖器部位，患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，多见男性包皮、龟头、冠状沟、阴茎等处，偶见于尿道；女性常见于阴唇、阴蒂、阴道、宫颈等。

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