子宫内膜异位症成为妇科临床难治病，主要由于发病机制尚未明确。目前认为可能是经期时，经血中含有的活性子宫内膜随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于盆腔而发病；由盆腔腹膜、卵巢 生发上皮在某些因素影响下，衍化为子宫内膜样组织而形成子宫内膜异位症；或具有活性的子宫内膜经淋巴及静脉播散而种植；可由免疫功能异常和女性内分泌功能紊乱而诱发。
但上述说法均无法解释子宫内膜异位症发生的全部原因。
子宫内膜异位症难治在于它是属一种性激素依赖性疾病，与妇女的雌、孕激素及其受体水平相关，只要卵巢存有功能，异位的子宫内膜呈周期性变化，病变部位会出现反复出血、增殖，形成粘连与纤维化，在卵巢部位常出现所谓巧克力囊肿或在盆腔部位产生触痛性结节等。药物治疗可一时性干扰卵巢功能，甚至造成闭经 ，症状得以缓解。但一旦停药，卵巢功能又恢复正常，异位病灶又出现周期性变化，病痛又死灰复燃，所以难治点在于它易复发，难根治。
子宫内膜异位症难治还在于以30～40岁妇女患者居多，正值女性性激素功能旺盛时期，病情难以控制。有时，为了达到治疗目的，药物可造成卵巢功能阉割，出现围绝经期系列症状，如闭经、潮热、出汗、心慌、易怒、性欲 减退以及发胖，造成对女性生理 的不良影响，长期治疗是不可取的。
难治点还表现在子宫内膜异位症虽是良性病变，但具有类似恶性肿瘤的远处转移和种植生长能力，出现相应受累器官的错综复杂的临床症候，难以鉴别和治疗，如肠道子宫内膜异位症会出现腹痛 、腹泻，甚至周期性少量便血；异位内膜侵犯膀胱或输尿管，出现尿痛、尿频及血尿等。由于子宫内膜异位症病因不明，治疗困难，后果严重，成为妇科临床棘手的问题，现已成为中外妇科专家研究 攻克的热点课题。
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