卵巢巧克力囊肿治疗的目的主要是抑制卵巢功能，抑制雌激素分泌，造成假孕或假绝经状态，减少内异症病灶的活性以及减少粘连的形成，缓解疼痛。无效者腹腔镜手术。术后应用药物是为了抑制残余病灶，预防复发，缩短复发的间期，促进生育。
这些药物均有不同的副作用，不能长期服用，一旦停药，只要有卵巢存在，只要有性激素的分泌，子宫内膜异位症就会有复发的风险，这也就是卵巢巧克力囊肿影响女性健康的根本原因所在。
对有盆腔疼痛、卵巢巧克力囊肿及不孕的患者首选手术明确诊断。不提倡未明确诊断长期药物治疗。因为卵巢巧囊有相当机会合并有其他类型的卵巢肿瘤，还有1%的恶变机会，而且对药物治疗反应差。
治疗卵巢巧克力囊肿的方法有哪些？
（1）对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫/双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。但临床上绝大多数患者为育龄妇女甚至未完成生育，不可能行根治术。
（2）对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除了其它不孕因素，第一步应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显著提高轻度内异症的自然妊娠率。
第二步药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。第三步建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。第一次手术非常重要，如果病灶切除不彻底容易复发，再次复发的治疗异常困难。
如果尽量彻底切除病灶有可能卵巢组织丢失的太多，术后卵巢储备功能下降，影响生育。手术要平衡这两方面的问题非常重要。但是患者病情的严重程度不一，有时兼顾很困难。
（3）对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。
