根据古今医家长期实践，一般认为本病的发生与冲任、胞宫的周期性生理变化密切相关。主要病机在于邪气内伏或精血素亏，更值经期前后冲任二脉气血的生理变化急骤，导致胞宫的气血运行不畅，“不通则痛”；或胞宫失于濡养，“不荣则痛”，放使疼痛发作。或因脏腑不和，气机阻滞，瘀血内停，气聚为瘕，血结为癥。常见的病因有肾气亏损、气血虚若气滞血瘀、寒凝血癌、湿热蕴结和湿瘀互阻等。
1、肾气亏损。先天肾气不足，或房劳多产，或久病虚损，伤及肾气，肾虚则精亏血少冲任不足，经行血泻，脑脉愈虚，失于濡养，“不荣则痛”，故痛经。损伤肾气，冲任虚衰。脉失于濡养，不能摄精成孕。
2、气血虚弱。素体虚弱，气血不足，或大病久病，耗伤气血，或脾胃虚弱，化源不足气虚血少，经行血泻，冲任气血更虚，胞脉失于懦养，“不荣则痛”，故痛经。损伤脾气，中气不足，冲任不固，血失统摄，以致经行量多。忧思伤脾，气虚而血滞，使瘀血留滞，瘀血内停，渐积成癥。
3、气滞血癌。素性抑郁，或忿怒伤府，肝郁气滞，气滞血瘀；经期产后，余血内露，蓄而成瘀，瘀滞冲任，血行不畅，经前经时气血下注冲任，胞脉气血更加壅滞，“不通则痛”故痛经。七情过极，郁而化热，热扰冲任，迫血旺行，以致经量增多。情志不畅，肝气郁结。疏泄失常，血气不和，冲任不能相资，以致不能摄精成孕。暴怒伤肝，气逆血留七情过极。肝气郁结，气血运行受阻，滞于胞宫，结块积于小腹，成为气滞瘤瘤。
4、寒凝血癌。经期产后，感受寒邪，或过食寒凉生冷，寒客冲任，与血搏结，以致气置凝滞不畅，经前经时气血下注冲任，胞脉气血更加壅滞，“不通则痛”，放痛经。经期产后余血未净之际，涉水感寒，或不禁房事，瘀阻胞脉，以致不能摄精成孕。经期产后，胞脉空虚，加之房事不洁，或外邪侵袭，凝滞气血，积而成癥。
5、湿热蕴结”素有湿热内蕴，或经期产后，感受湿热之邪，与血搏结，稽留于冲任、胞宫，以致气血凝滞不畅，经行之际，气血下注冲任，胞脉气血更加壅滞，“不通则痛”，故痛经。素体阳盛，或您食辛辣，感受热邪，七情过极，郁而化热，热扰冲任，迫血旺行，以致经量增多。或感染湿热邪毒，入里化热，毒热与血搏结，瘀阻冲任，结于胞脉，而成癥瘕。
近年来，中医学者普遍认为血瘀是子宫内膜异位症的基本病因病理，认为大部分子官内膜异位症患者病程都较长，瘀血积聚，久必化热，提出“痹热”是子宫内膜异位症的主要发病机制。也有学者认为本病见于虚实夹杂，本虚标实之证。
