一旦发现卵巢囊肿，应尽早确定其为肿瘤性的囊肿还是非肿瘤性的囊肿。可依据肿瘤生长的快慢、大小、性状，以及相应的检查，如：子宫输卵管造影、静脉肾盂造影、超声诊断或腹部断层扫描、核磁共振，乃至腹腔镜检查、剖腹探查，可以明确诊断，如果是肿瘤性的囊肿，不管是否怀疑为恶性均要早期手术切除。
影像学检查
B超：最简便易行的诊断方法。可检测肿块的部位、大小、形态，提示囊性还是实性，囊内有无乳头，以及鉴别卵巢肿瘤、腹水和包裹性积液等。临床诊断符合率>90%，但直径小于25px不易测出。同时超声多普勒的扫描，能测定卵巢及其新生组织的血流变化，有助于诊断。
腹部平片：卵巢畸胎瘤，可显示骨骼及牙齿，囊壁为密度增高的钙化层，囊腔呈放射透明影。
CT、MRI、PET-CT：可清晰显示肿块，进行定位和定性，良性肿瘤多呈均匀性吸收，囊壁薄，光滑，恶性肿瘤轮廓不规则，向周围浸润或伴腹水，并可了解肝、肺及腹膜后淋巴结有无转移。
盆腔淋巴结造影可判断卵巢肿瘤有无淋巴道转移。
肿瘤标记物
目前无任何一种肿瘤标记物为某一肿瘤专一独特专有，各种类型均可有相对较特殊的标记物，可用于鉴别诊断及病情监测。①CA125：80%卵巢上皮内癌的患者该指标高于正常值，90%以上患者CA125水平的高低与病情缓解或恶化相一致，可用于病情监测，敏感度高。②AFP：对卵巢内胚窦瘤有特异性价值，对未成熟畸胎瘤、混合性无性细胞瘤中含有卵黄囊成分者有协助诊断意义。③HCG：原发性卵巢绒癌有特异性。④性激素：可分泌激素的功能性卵巢肿瘤有意义，如颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤可产生较高的雌激素等。浆液性、粘液性或勃勒纳瘤有时可分泌一定量的雌激素。
腹腔镜检查
可直接观察肿块的情况，同时对盆腹腔及横膈进行探查，并在可疑部位进行多点活检，抽吸腹腔液进行细胞学检查。
细胞学检查
阴道脱落细胞学涂片对找癌细胞的阳性率不高，意义不大。腹水或腹腔冲洗液找癌细胞对卵巢癌I期患者进一步分期及治疗有意义。胸水应做细胞学检查有无临床转移。
