腹泻分为急性腹泻及慢性腹泻，其病因也不尽相同，具体如下：
一、急性腹泻病程多不超过3星期，肠道感染，包括食物中毒在内，是引起急性腹泻最常见的病因，可分为：
1、细菌感染：常见病原菌包括痢疾杆菌、大肠埃希杆菌、沙门菌属、小肠弯曲菌、小肠结肠耶尔森菌、肠道金黄色葡萄球菌、产气荚膜杆菌、魏氏梭状芽孢杆菌、难辨梭状芽孢杆菌、霍乱弧菌等。
2、原虫与寄生虫感染：包括阿米巴、血吸虫、滴虫、梨形鞭毛虫等。
3、病毒感染：多见于肠道轮状病毒感染、肠道腺病毒感毒感毒感染。
4、真菌感染：可导致腹泻的真菌有很多，如过期食物中的霉菌等。
5、食物中毒：常见致病菌包括金黄色葡萄球菌、沙门菌、嗜盐杆菌、蜡样芽胞杆菌、产气夹膜梭状芽胞杆菌或肉毒杆菌；毒蕈、河豚鱼、较大的鱼胆及毒鼠药、农药等其他有毒化学性毒物。
6、变态反应：如食物过敏（牛奶、鱼、虾、海鲜产品等）可引起腹痛、腹泻；过敏性紫癜等疾病可伴有肠蠕动增快而发生腹泻。
7、药物：多种药物可导致腹泻，如红霉素、氢氧化化化镁、新霉素、林可霉素、硫酸镁、山梨醇、甘露醇、5-氟脲密啶、利舍平（利血平）、普萘洛尔（心得安）等，这些药物导致腹泻的机制不尽相同；某些化学物质如磷、砷、汞及酒精中毒等均可导致急性腹泻。
二、慢性腹泻的病期在2个月以上，病因比急性的更复杂，因此诊断和治疗有时很困难。引起慢性腹泻的病因甚多，包括：
1、肠道感染：是引起慢性腹泻最常见的病因，包括细菌感染、原虫和寄生虫感染、真菌。
2、肠道非特异性炎症或非感染性炎症：自体免疫性疾病、自体免疫性疾病，放射治疗引起的肠炎，吸收不良综合征等。
3、吸收不良综合征：吸收不良综合征的分类十分复杂。吸收不良可因胃及小肠疾病而引起，也可因肝胆、胰腺疾病所致。
4、内分泌疾病：多种内分泌疾病都伴有腹泻的症状，如甲状腺功能亢进症、糖尿病、甲状旁腺功能减退症与甲状腺髓样瘤、肾上腺皮质功能减退症、胰性霍乱综合征、WDHA综合征、水泻-低钾-无胃酸综合征或血管活性肠肽瘤、胃泌素瘤。
5、肿瘤性疾病：胃肠道恶性淋巴瘤、类癌综合综合征、结肠癌、肠道腺瘤性息肉或息肉病。
6、胃肠道功能障碍性疾病：肠易激综合征包括黏液性结肠炎、易激惹结肠或过敏性结肠炎。
7、其他因素：肠道菌群失调、尿毒症。