1、中毒性结肠扩张在急性活动期发生，发生率约2%。是由于炎症波及结肠肌层及肌间神经丛，以至肠壁张力低下，呈阶段性麻痹，肠内容物和气体大量积聚，从而引起急性结肠扩张，肠壁变薄，病变多见于乙状结肠或横结肠。诱因有低血钾、钡剂灌肠，使用抗胆碱能药物或鸦片类药物等。临床表现为病情迅速恶化，中毒症状明显，伴腹胀、压痛、反跳痛，肠鸣音减弱或消失，白细胞增多。X线腹平片可见肠腔加宽、结肠袋消失等。易并发肠穿孔。病死率高。
2、肠穿孔发生率为1.8%左右。多在中毒性结肠扩张基础上发生，引起弥漫性腹膜炎，出现膈下游离气体。
3、大出血是指出血量大而要输血治疗者，其发生率为1.1%～4.0%。除因溃疡累及血管发生出血外，低凝血酶原血症亦是重要原因。
4、息肉本病的息肉并发率为9.7%～39%。常称这种息肉为假性息肉。有人其此分为黏膜下垂型、炎型息肉型、腺瘤样息肉型。息肉好发部位在直肠，也有人认为降结肠及乙状结肠最多，向上依次减少。其结局可随炎症的痊愈而消失，随溃疡的形成而破坏，长期存留或癌变。癌变主要是来自腺癌息肉型。
5、癌变发生率报道不一，有研究认为比无结肠炎者高多倍。多见于结肠炎病变累及全结肠、幼年起病和病史超过10年者。
6、小肠炎并发小肠炎的病变主要在回肠远端，表现为脐周或右下腹痛，水样便及脂肪便，使患者全身衰竭进度加速。
7、与自身免疫反应有关的并发症常见者有：
（1）关节炎：溃疡性结肠炎并发关节炎率为11.5%左右，其特点是多在肠炎病变严重阶段并发。以大关节受累较多见，且常为单个关节病变。关节肿胀、滑膜积液，而骨关节无损害。无风湿病血清学方面的改变。且常与眼部及皮肤特异性并发症同时存在。
（2）皮肤黏膜病变：结节性红斑为多见，发生率为4.7%～6.2%。其他如多发性脓肿、局限性脓肿、脓疱性坏疽、多形红斑等。口腔黏膜顽固性溃疡亦不少见，有时为鹅口疮，治疗效果不佳。
（3）眼部病变：有虹膜炎、虹膜睫状体、葡萄膜炎、角膜溃疡等。以前者最多，发病率约5%～10%。
8、其他并发症结肠腔狭窄、肛门脓肿、瘘管、贫血、肝损害及肾损害。此外，尚有心肌炎、栓塞性血管炎、胰腺萎缩及内分泌障碍等。