淋菌性肛门直肠炎主要通过患者的临床表现和实验室淋球菌检查进行诊断。检查手段包括：

1、涂片检查

取患者尿道分泌物或宫颈分泌物，作革兰氏染色，在多形核白细胞内找到革兰氏阴性双球菌，涂片对有大量脓性分泌物的单纯淋菌性前尿道炎患者，此法阳性率在90%左右，可以初步诊断。

咽部涂片发现革兰氏阴性双球菌不能诊断淋病，因为其他奈瑟菌属在咽部是正常的菌群，另外对症状不典型的涂片阳性应作进一步检查。

2、培养检查

淋球菌培养是诊断的重要佐证，培养法对症状很轻或无症状的男性、女性病人都是较敏感的方法，只要培养阳性就可确诊。在基因诊断问世以前，培养是世界卫生组织推荐的筛选淋病的唯一方法，培养阳性率男性80%-95%，女性80-90%。

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