深部真菌病与浅部真菌病不同，患者往往有明显的诱因和伴随的基础疾病，因此，对真菌性肠炎的治疗必须兼顾去除发病诱因和伴随疾病的治疗，仅用抗真菌药则疗效欠佳。而且，现有的几种疗效较好的抗真菌药均有不同程度的毒副作用，需要联合用药和中西医结合治疗以减少副作用和提高疗效。
一、一般治疗和对症治疗
卧床休息，消化道隔离。给予易消化、高热量、高维生素、低脂肪饮食。限制进食牛奶以防腹胀。避免刺激性、多渣食物，防止诱发肠穿孔。退热可用物理降温。停用原有抗生素。忌用止泻药。可应用微生态制剂。
二、液体疗法
1、静脉补液：进食少、失水明显的患者，应静脉输液，以补充水分、热量，及时纠正酸碱平衡和电解质紊乱。原则上损失多少补多少，遵循“先盐后糖，先快后慢，纠酸补钾”的方针。
2、口服补液：适用于轻度失水者和静脉补液后病情已有改善者。
三、中医中药
运用中医的整体观点，辨证施治，扶正祛邪，在提高机体免疫力和改善全身状况的同时，加以有效的抗真菌药治疗。尤其是艾滋病并发真菌性肠炎，中西医结合疗法有其独到的优势。
大蒜、黄连、土槿皮、毛姜等中药均有一定的抗真菌作用。由大蒜的有效成分——大蒜素制成的注射液，可供静脉滴注，亦可口服。近来有人用中药浓煎成汁灌肠，亦取得不错的疗效。
四、抗真菌治疗
首选制霉菌素口服。重症或口服有困难者选用氟康唑或二性霉素B合用氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）静脉滴注。
1、制霉菌素：为多烯类抗真菌抗生素，因不溶于水，口服不吸收，故副作用较小。成人每次100万U，3次/d，儿童酌减，疗程10～14天。可与大蒜素合用。
2、大蒜素：为大蒜经真空分馏得到的一种有效挥发油，化学名为三硫二丙烯，亦可人工合成。注射剂，成人每天90～150mg，加入5%葡萄糖中滴注，4～5h滴完。口服胶丸，成人每次40～60mg，3次/d，饭后服。儿童用量酌减。疗程2周～4个月。
3、氟康唑：为取代酮康唑的新一代三唑类化学制剂，对肝脏的毒副作用远较酮康唑小。用法：成人每天200～400mg，儿童5～10mg/（kg·d），1次口服或静脉滴入。疗程10～14天。此药应避免与降低胃pH值的碱性药物同服，否则影响该药的吸收；也应避免与降血糖药、环孢素A、苯妥英钠、利福平、H2拮抗药等合用，以免相互干扰、加速代谢而降低疗效。
4、伊曲康唑：作用与氟康唑类似，仅供口服。用法及注意点同氟康唑。用于治疗副球孢子菌肠炎，疗程需6～12个月。
5、两性霉素B及其脂质体制剂（Ambisone）：供静脉应用的多烯类抗真菌抗生素，具有较广的抗菌谱，但副作用大，仅适用于重症患者。此药对地丝菌无效。用法：两性霉素B，50mg/瓶，以去氧胆酸钠稀释，加入5%葡萄糖液中，成0.1mg/ml浓度，于6h内滴完。第1天0.25mg/kg，以后每天增加0.25mg/kg，至每天0.75mg/kg后改为隔天1次。通常与5-氟胞嘧啶合用，应用5～7天或病情减轻后，改用氟康唑或其他毒副作用较小的药物。主要副反应包括：头痛、寒战、发热、恶心、畏食、血栓性静脉炎、溶血性贫血、急性肾炎、心肌炎、心率失常等，可通过应用麻醉剂、糖皮质激素、阿司匹林、抗组胺药及碱化尿液等以减轻毒副作用。如用两性霉素B脂质体，则毒副作用明显减少，有利于加大用药剂量和延长应用时间。应用方法：
（1）加灭菌蒸馏水将两性霉素B脂质体稀释成4mg/ml，并剧烈震摇使之分散均匀。
（2）再以5%葡萄糖液稀释成0.2～2.0mg/ml浓度，并通过孔径为5mm的消毒滤膜过滤，避光静脉滴注，30～60min内滴完。
（3）用量：从每天1.0mg/kg逐天增加至3.0mg/kg，疗程2～4周；新生儿每天1～5mg/kg，疗程1个月。不宜在同一输液管道与电解质溶液及其他药物混用。
6、氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）：为化学合成的广谱抗真菌药，通过真菌所特有的胞嘧啶脱氨酶，转化为5-氟尿嘧啶而干扰真菌核酸合成。单用效果差，与两性霉素B合用，可减少后者的用量以降低其毒性，并减少耐药菌株的产生。常用口服胶囊，亦可用1%溶液作静脉注射。用量：成人和儿童，50～150mg/（kg·d），分4次口服。
7、甲紫：适用于地丝菌肠炎。用法：甲紫胶囊，每次30mg，3次/d。可与制霉菌素或氟康唑合用。
8、磺胺药：适用于副球孢子菌肠炎。用法：磺胺嘧啶，成人每天4～6g，儿童每天60～100mg/kg，分3～4次口服。或磺胺甲唑/甲氧苄啶，成人每天2片，儿童每天1片或酌减，1次口服。疗程需6个月以上。