假膜性肠炎是由以下两种菌群产生毒素致病。

1、难辨梭状芽胞杆菌

难辨梭状芽胞杆菌是与抗生素相关的假膜性肠炎的重要发病原因。这种细菌是体内常驻细菌存在于正常人的肠道中。在未接受抗生素治疗的患者中，难辨性梭状芽胞杆菌数量仅占厌氧菌的2%～3%，细菌产生的毒素少，甚至不产生对人体致病的毒素。人群中难辨梭状芽胞杆菌的检出率为5%～13%，正常情况下这些细菌互相制约，不能大量繁殖，也不会导致发病。长期使用大量抗生素，能抑制肠道内各类细菌的生长，不受抗生素影响的耐药性难辨梭状芽胞杆菌则迅速繁殖。大便中的难辨梭状芽胞杆菌可高达厌氧菌的10%～20%，产生大量的外毒素，引起黏膜坏死、渗出性炎症伴假膜形成，在所有假膜性肠炎的大便中都几乎可找到这种外毒素。

2、溶血性耐药金黄色葡萄球菌

当使用大量广谱抗生素后（如土霉素、氯霉素、四环素、氨苄青霉素、先锋霉素等），抑制了肠道内包括大肠杆菌在内的各种菌群，耐药的金黄色葡萄球菌则大量繁殖产生外毒素，导致假膜性肠炎的发生。把这类患者的粪便涂片做革兰染色可找到成堆的球菌，如将这种细菌产生的毒素给动物注射也可以发生假膜性肠炎。

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