假膜性肠炎治疗的目标是消除细菌、消除或减弱细菌毒素的作用、扶植肠道正常菌群、改善全身和腹部消化道的症状。具体的治疗方法如下：
一、病因治疗
极为重要，临床用药应严格掌握适应证，对大量使用广谱抗生素的要严密观察消化道的变化。一旦怀疑本病或已明确诊断应立即停用正在使用的抗生素。停用抗生素以后有利于肠道其他细菌特别是需氧菌的生长，抑制厌氧菌生长，恢复正常的肠道内环境。
二、抗生素的应用
在大便培养及药物敏感实验得出结果之前应及时改用抗生素，可使用针对性强的窄谱抗生素。
三、扶持正常菌群
由于难辨梭状芽胞杆菌肠道定植阻力的丧失是假膜性肠炎病理中一个重要因素，所以从理论上讲，可以用重建正常菌群的方法治疗。
1、药物治疗：乳酶生、维生素C、叶酸、复合维生素B、维生素B12、谷氨酸等能促进肠内球菌正常菌群的繁殖；乳糖、蜂蜜、麦芽糖等促进大肠杆菌的繁殖。
2、健康人粪便用：健康人肠道含正常菌群粪便为供体，用粪便灌肠方式治疗假膜性肠炎能取得较好的效果。
四、对症及全身支持治疗
1、抗休克和对毒血症的治疗：补充血容量并给予全血、血浆或白蛋白，增强抵抗力及抗休克的能力。对毒血症的治疗可以短期应用。肾上腺皮质激素以期达到减轻毒血症的作用，有利于纠正休克。但没有必要大剂量、长期使用。血压偏低可用多巴胺、间羟胺等血管活性药物。
2、纠正水电解质紊乱及酸碱平衡失调：腹泻可以导致脱水，一般为等渗性脱水，应根据生化检查和尿量补充丢失的水和钾、钠盐。使用碱性药物纠正酸中毒。单纯以静脉补充液体常难以补足血容量，肠道尚有正常黏膜可以吸收水分时，可以通过口服途径补充葡萄糖盐水，葡萄糖在被吸收的同时作为载体将钠离子吸收，有利于补充钠的丢失和酸碱平衡的恢复。
3、肠外营养（PN）：治疗本病有严重的腹泻，病程中影响进食，病程长，常易导致氮的负平衡。因此，PN治疗可以增强机体的抗御疾病的能力，加速组织的修复。
4、治疗基础疾病：在治疗过程中要注意对于基础疾病的治疗，纠正心力衰竭，改善肝功能等。
五、手术治疗
在非手术的积极治疗下，病程无改善，怀疑肠坏死、肠穿孔或发生中毒性巨结肠的可在纠正酸中毒、补足血容量的同时积极手术探查。