1、遗传因素：
临床调查发现，如果父母双方其中一方患有习惯性口腔溃疡，其后代可能发生口腔溃疡的比例为50%-60%；如果父母双方都有复发性口腔溃疡患病史，那么其后代发生此类疾病的比例为80%-90%左右。这是主要的引起口腔溃疡的原因。
2、内分泌变化：
也是主要的引起口腔溃疡的原因。口腔溃疡患者中的女性患者经常会在月经前后或月经期间发生症状，且溃疡的疼痛症状较为严重，此外患者还会伴有口干、易怒和烦躁现象，用药治疗后得到适当缓解，但在下次生理期又会重复发病。女性体内雌激素变化是口腔溃疡的具体发病原因。
3、消化系统疾病及功能紊乱：
口腔溃疡疾病的发生还会受某些消化系统疾病和功能紊乱的影响。这同样是引起口腔溃疡的原因中比较主要的一种，例如，如果患者患有溃疡性结肠炎、胃溃疡、局限性肠炎、十二指肠溃疡和肝炎等消化道疾病，其发生口腔溃疡症状的可能性会增大。这与疾病对机体的免疫能力造成影响有关。