手术治疗：卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。

我们知道，口服避孕药本身就是激素类药物，能抑制脑垂体激素分泌，那些原来“敦促”卵巢生成卵泡、排卵的激素受到抑制后，卵巢便不再排卵，女性也就不会怀孕。 同样道理，没有了卵泡发育、排卵的过程，上面提到的那些功能性卵巢囊肿也就不会发生，所以，口服避孕药本身就是预防这些囊肿的方法。而对于已出现的功能性卵巢囊肿，服用避孕药后，卵巢处于“消停”状态，囊肿也会消退得更快。 当然，这些囊肿一般不需要专门去治疗，只有超过三个月还不消退（三个月后最好作B超复查），或者引起腹痛、月经改变者，医生才会建议口服三个月避孕药帮忙。而对于不能确定性质的囊肿，这也是一种鉴别方法。

卵巢囊肿可以采用超声引导下介入治疗,即超声引导下经腹壁细针穿刺,抽出囊液,注入硬化药物,使囊肿萎缩消失。