根据甲损害的不同临床特点，甲真菌病可分为下列四型：
1、远端甲下甲真菌病（distal subungual onychomycosis，DSO） 这是最常见的一种。真菌开始侵犯远端侧缘甲下角质层，再侵犯甲板底面，逐渐导致甲板变色变质，失去正常光滑外观，甲板下堆积甲床角质层的碎屑，使得甲板与甲床分离脱落，或被患者剪掉，使整个甲板缺失，遗留下角化过度的甲床。
一些真菌可产生不同色素如短帚霉产棕色、球拟壳蠕孢产黑色等。病原菌趾部为红色毛癣菌、须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌，短帚霉、曲霉、镰孢、头孢霉，白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、白地霉和球拟壳蠕孢；指部为红色毛癣菌和白念珠菌（图3）。
2、白色表浅甲真菌病（white superficial onychomycosis，WSO） 较少见。真菌直接通过甲板浅层侵入，形成小的、浅表性白色斑点并增大、融合。最终甲变软、变粗糙，呈琥珀色。病原菌趾部为须癣毛癣菌、头孢霉、曲霉和镰孢。红色毛癣菌少见。
3、近端甲下甲真菌病（proximal subungual onychomycosis，PSO） 典型的可见于手指甲近端，开始像白点，可扩大为白斑。表现为甲板底面受累，但整个指甲均可被累及。原发型少见。外伤、糖尿病、银屑病、慢性甲沟炎和外周脉管疾病可继发本型感染。本型在国外随艾滋病发病上升而增多。病原菌趾部为红色毛癣菌、须癣毛癣菌、许兰毛癣菌、断发毛癣菌、麦格尼毛癣菌，指部为红色毛癣菌和麦格尼毛癣菌。
4、全营养不良性甲真菌病（total dystrophic onychomycosis，TDO） 为上述三型发展的最后阶段，全层甲受累。
此外，还有两个特型：真菌性黑甲，由红色毛癣菌及双间柱顶孢等产黑素的非皮肤癣菌性真菌和酵母菌引起，表现为纵嵴性黑甲。慢性皮肤黏膜念珠菌病的原发性甲感染，为甲板全层受累的营养不良型念珠菌病，因甲下碎屑堆积，甲板易于剥离，遗留角化过度的甲床。