手术治疗是目前根治卵巢卵黄囊瘤的唯一方法。
1、原发性肿瘤的手术治疗：卵巢卵黄囊瘤患者就医时，50%～80%已有卵巢外肿瘤转移。而转移绝大多数局限在盆、腹腔内脏器的表面。淋巴结亦可有转移肿瘤又常为单侧性，故手术范围应包括卵巢原发肿瘤、大网膜及盆腔内种植瘤切除。
应用于卵巢上皮癌的肿瘤细胞减灭术，即尽可能比较彻底地将肿瘤切除，使残存肿瘤不超过2cm直径。这种肿瘤细胞减灭术是否也适用于卵巢卵黄囊瘤，过去对待内胚窦瘤的手术治疗原则与对待卵巢上皮癌是一致的。但近年来，既然已找到很有效而敏感的化疗方案，将原发肿瘤及大块转移种植灶切除仍是很必要的。但如果手术将伤及脏器的完整性例如子宫直肠窝内肿瘤，只要能将大块肿瘤挖除，留下少量残存癌组织，手术后进行化疗仍是有效的，不必作直肠切除或造瘘作人工假肛。总之，手术不宜给患者带来过多创伤。残存的小量癌组织可依靠化疗予以消灭。
2、复发性肿瘤的手术治疗：卵巢卵黄囊瘤原发肿瘤切除后，如果没有及时进行有效的联合化疗，或是化疗不足量，肿瘤常常很快复发。如果复发瘤比较局限体积不大，也许单用联合化疗即可奏效。如果腹腔内的复发瘤分布较广而多或是体积偏大，仍需要手术切除，以使联合化疗取得成功而满意的效果。
3、化疗：以PVB[顺铂P、硫酸长春碱（长春花碱）V博来霉素B]联合化疗方案治疗广泛性转移性睾丸癌很成功，所以，PVB联合化疗也很快成为卵巢恶性生殖细胞肿瘤的常用化疗方案。有关顽固性睾丸癌治疗成功的经验，尚有BEP联合化疗方案B：博来霉素P：顺铂，E：依托泊苷（EtoposideVP-16），其效果与PVB类似，而毒性较PVB低（Williams1987）。有关以上用药的疗程数尚无明确的统一意见，对于Ⅰ期癌或有转移但瘤灶可全部切净的病例，以3～4个疗程为宜。如手术后残存癌较大，则可能需要5～6个疗程。
含有顺铂的PVB、BEP联合方案，只要在用药过程中特别注意用药“及时”、“足量”，则效果会很满意。有少数病例并未经过手术切除肿瘤，也获得长期的持续性缓解，因而使人想到，对于卵黄囊瘤的治疗是否完全可以依靠化疗的作用，而不必行手术切除。卵巢卵黄囊瘤的联合化疗虽然可取得很满意的效果，但大多数报道都是在手术切除肿瘤以后辅以化疗。只是有个别病例单用化疗而获得持续缓解。尚无足够的资料支持以单纯化疗代替手术及化疗的综合治疗。而且卵黄囊瘤的原发肿瘤一般体积很大化疗后的坏死组织体积也不小，虽然可被机体逐渐吸收，但这种坏死组织的吸收对患者仍是一个负担，且有可能留下腹腔内粘连而且对于卵黄囊瘤的手术治疗并不强调彻底的肿瘤细胞减灭术，只要将主要的大块瘤切除，手术并不复杂，创伤性不大。对于健侧卵巢及子宫应注意保持其完整性，则手术治疗仍是一个不应省略的步骤。单纯依靠化疗势必使疗程数有所增加，而带有顺铂、博来霉素的化疗有一定的毒性。过多的化疗与一个不太复杂的手术比较可能会给患者造成更大的负担因此原则上还应考虑手术治疗与化疗的综合治疗。
