1、浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿：在观察三个月后，仍然存在的囊肿有可能是属于上皮卵巢囊肿，而非功能性囊肿。这是因为具有分泌功能的浆液细胞及黏液细胞在排卵后被包埋在卵巢内，不断的分泌液体形成囊肿。这种囊肿是不会消失的，需要开刀切除。

2、巧克力囊肿（子宫内膜异位瘤）：是指子宫内膜异位症长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。因为子宫内膜异位瘤会随着时间增加而变大，渐渐侵蚀正常的组织，造成卵巢组织不可逆的损害。经过评估其严重性后，可能需要开刀处理。

3、畸胎瘤：这是一种很特别的囊肿，可能是在胚胎时期的细胞分化上出了问题，经过很久的时间才表现出来。它会在卵巢内生成毛发、牙齿还有一些油脂类的聚集。由于畸胎瘤本身不会自行消失，而且还有可能不断的成长，另有15%机率会造成卵巢扭转，所以较好及早切除。一般来说恶性的比率小于千分之一。

4、卵巢癌：罹患卵巢癌的机率相当低，但因为位于骨盆腔内，并不容易早期发现。

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