要了解卵巢囊肿（ovarian cyst）首先必须认识卵巢的基本功能：卵巢是位于下腹作为储备卵子的两个小器官。卵子在卵巢里生长，成熟之后在排卵期经输卵管释放出来。
倘若卵巢里的滤泡（sac）於排卵期没有把其中的卵子排出，这充满液体的滤泡就会变成卵巢囊肿。女性可能同时生长多粒卵巢囊肿，其体积小可如芝蔴、大可像西瓜。
卵巢囊肿的类别
1、 功能性囊肿
（Functional cysts）
这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍。卵巢滤泡成熟不了而转变成囊肿，但这类囊肿通常会在月经来潮时消失。因此在月经期间或刚过时以超声波检查囊肿是很重要的。
处于更年期或更年期之后的妇女是不会有功能性囊肿的。
2、 子宫内膜炎囊肿
（血块囊肿）
Endometriotic cysts/blood cysts）：
这类囊肿含有凝固的血块，颜色如巧克力一般，因此也俗称巧克力囊肿。这类囊肿在子宫内膜异位的妇女患者当中较为普遍，属于严重的病例。囊肿随着时间的推移长大，导致月经来潮时腹部剧痛和抽搐，行房时也会疼痛。一旦爆裂其结果就有如阑尾炎（即盲肠溃疡），必须赶紧动手术。子宫内膜炎囊肿癌变的病例是非常罕见的
3、 皮状囊肿（毛囊肿）
（Dermoid cysts/hairy cysts）：
这类囊肿通常都是良性的（即非癌细胞）。囊肿里常有头发、牙齿、骨头等混於其中的脂肪状液体。体积通常很小，不呈现任何症状。但如果囊肿变大，则可能引发并发症。（请参阅浆液状的囊肿）。
4、 浆液状囊肿（液体囊肿）
（Serous cysts/watery cysts）：
这类囊肿含有脓状的液体，可能癌变。
5、 粘液状囊肿
（Mucinous cysts/jelly cysts）：
这类囊肿含有粘性的液体，也可能癌变。
症状
功能性囊肿、皮状囊肿、浆液状囊肿和粘液状囊肿通常没有什么症状。万一囊肿变大，就可能使患者的下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。囊肿也可能挤压膀胱导致频尿或排尿困难。
囊肿甚至有可能演变成并发症、感染、变得扭曲、出血或爆裂。这些症状都可能引发反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛，必须即刻动手术把囊肿切除。这类囊肿偶尔也会癌变。除了感觉食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，卵巢癌早期通常没有任何症状。后期则会有腹部与四肢水肿的现象。
子宫内膜炎囊肿和以上类别的卵巢囊肿不同，通常是有症兆的（详情请参阅子宫内膜异位）。
诊断与治疗
有些卵巢囊肿可在例常妇科骨盆检查时发现。有些可通过超声波扫瞄发现。由于皮状囊肿里含有骨头与牙齿等硬物，X-光探测偶尔能现发这类囊肿。
一旦发现囊肿，为了诊断是否属于癌症，医生可用超声波扫瞄探测囊肿里是否只含液体或含有液体和固体的混合物。混合体是癌细胞存在的症兆。医生会仔细地观察和记录囊肿的位置、体积等详情，以便下一回月经过后再次检测时作参考和比较之用。如果是功能性囊肿，再度检查时囊肿可能缩小或消失。
如果囊肿没有消失或反而变得疼痛，就有必要作CA125血清检测，以测量患者血液里的蛋白质含量，作为是否患有癌症的指标（tumor marker test）。必须注意的是这项测验並不十分精确，因为非癌症病例如子宫内膜异位或骨盆感染患者也可能呈现高标的蛋白质含量。
如果囊肿是良性（非癌症）的、而且超声波与血清CA125检验结果都正常，就可采用腹腔镜（laparoscopy）作进一步的检验。
如果囊肿太大就必须用传统剖腹手术（laparotomy）予以切除。手术是在全身麻醉的情况下，在腹部开孔进行的。囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。若属良性，将去除囊肿后的卵巢缝合好，也就大功告成。若属恶性，就须进一步将卵巢甚至子宫切除。
