细菌性肝脓肿是由化脓性细菌引起的肝内化脓性感染，亦称化脓性肝脓肿。肝脏由于接受肝动脉和门静脉的双重血液供应，并通过胆道丰富的血供和单核-巨噬细胞系统强大的吞噬作用，可以杀灭入侵的细菌并阻止其生长，因而细菌性肝脓肿并不经常发生。当人体抵抗力弱时，入侵的化脓性细菌会引起肝脏感染而形成脓肿。引起细菌性肝脓肿最常见的致病菌在成人为大肠埃希杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌，在儿童为金黄色葡萄球菌和链球菌，而Friedlnder肺炎杆菌等则次之。病原菌进入肝脏，可经由下列途径：
1、胆道系统患者最重要的感染途径。在有胆道阻塞和继发感染的病例，如胆总管结石、胆道蛔虫或华支睾吸虫病等并发急性化脓性胆总管炎者，细菌可沿胆道上行，感染肝脏而形成肝脓肿。
2、门静脉系统腹腔感染（如坏疽性阑尾炎、化脓性盆腔炎等）、肠道感染（如溃疡性肠炎、菌痢等）、痔核感染等可引起门静脉属支的血栓性静脉炎，其脓毒性的栓子脱落后可沿门静脉系统进入肝脏，引起肝脓肿。由于抗生素的广泛应用，此途径的感染已少见。
3、淋巴系统肝脏的邻接部位如有化脓性病灶如胆囊炎、膈下脓肿及胃、十二指肠穿孔等，细菌可经淋巴系统侵入肝脏。
4、血液感染体内任何部位的化脓性感染，如上呼吸道感染、急性骨髓炎、亚急性心内膜炎、疖和痈等并发菌血症时，病原菌可由肝动脉入肝。
5、直接侵入当肝脏有开放性损伤时，细菌可经由创口直接侵入。有时肝脏的闭合性损伤形成肝脏的被膜下血肿后，肝脏内原有的细菌可使血肿转化为脓肿。
6、其他原因不明的方式不少肝脓肿并无明显原因，如隐匿性肝脓肿。可能体内存在某种感染性病灶，当机体抵抗力减弱时，偶然的菌血症引起了肝脏的炎症和脓肿。隐匿性肝脓肿中25%伴有糖尿病。由于抗生素广泛而有效的应用及手术治疗的进步，使原属于其他腹腔感染引起的细菌性肝脓肿的病例已少见。