肾囊肿再临床上的治疗一直都是一个大问题，很多医生在治疗肾囊肿的时候，都不能选择最有效的方法，而有些病人在治疗肾囊肿的时候，总是习惯性的盲从其他人的观点和办法，这样的话，只会导致我们在治疗过程中，像个无头苍蝇一样。
长久以来，临床上对于治疗肾囊肿已经形成了固定的套路：小囊肿，身体没症状，生活不碍事，那就不理它，任他自生自灭；囊肿较大（通常3~4厘米以上），腰痛、腹胀、尿血等症状出现，不能耐受，那就做手术。手术不外乎有两种，一是去顶减压，二是穿刺抽液。想来肾囊肿病人在去就医时，医生都是如此告之的吧。
然而，一旦肾囊肿患者接受进一步的治疗时，往往意料不到自己会出现这样那样的结局。比如，平素身体很健康的人，偶然体检查出肾脏有囊肿，仅1、2厘米大小，那么医生会说，“囊肿很小，不用治疗”。大多数人一听不碍事，由此放松了警惕，饮食不注意、也不做定期检查。几年过去了，身体出现异常症状而就医时，囊肿已经渐渐长大了。
再比如，肾囊肿过大才被发现，尤其是囊肿已经长到了8厘米以上，做了肾囊肿手术后，没几年囊肿还会增大。因为医生指导肾囊肿病人做手术或不用处理时，并没有告之其手术后囊肿易复发、不用处理囊肿则将不断增大等弊端。
囊肿小听之任之不行，大囊肿单纯手术容易复发也不行，肾囊肿的治疗到底如何进行好？对肾囊肿病人而言，这是一个必须面对的问题。针对自身囊肿处于不同的阶段，必须有针对性的选用相应的治疗措施：
小的囊肿病人多无症状，多数还可出现囊肿被吸收而自愈的情况。故如囊肿尚小，身体没什么异常感觉，那暂时不用做什么特殊的处理，只要日常低盐低脂饮食，并注意做好定期检查（一般2~3月检查一次）的预防工作，防患于未然；
大的囊肿（8、9厘米以上）由于体积过大，压迫正常的肾脏组织结构，致使肾脏缺血缺氧，最终可能引发肾功能渐进性减退而发展成为肾功能衰竭。故只能采用手术治疗，才能在最短时间内缓解病人肾脏的负担和不适症状，远离危险情况发生。
中等大小囊肿（多指3~7厘米囊肿），是治疗的最佳时机，中西医结合保守治疗效果较为理想，能避免手术复发的缺点。故此种情况病人需慎重对待，权衡不同治疗方法的利弊，以免病情反复和囊肿不断增大对肾功能造成不可逆性的损害，加速病情恶化；也避免了囊肿不断增大，不得不面对的手术治疗复发问题。