传染性越强，机体免疫系统受到抑制，疾病越不容易痊愈，可以长期反复复发，最后，有导致癌变的可能。约15%的宫颈尖锐湿疣、10%的外阴及肛门周尖锐湿疣可以发展成恶性肿瘤；18%的阴茎癌和9%的女阴癌是由尖锐湿疣诱发的。
如果尖锐湿疣不及时治疗，它会不断生长，增大，数目增多，也可相互融合呈乳头状、鸡冠状、鹅卵石状、菜花状等外观，大小不等，可长成巨大的尖锐湿疣疣体。常有瘙痒及压迫感，若合并细菌感染可有恶臭。压迫临近的组织器官出现相应的压迫病状。
（一）HPV与皮肤肿瘤的发生有关：它在皮肤癌和其他解剖部位的肿瘤似乎起决定作用。口腔良性赘生物和癌前病变，皮肤鳞状细胞癌组织中可发现HPV-11、16、18型DNA，曾报道喉部HPV-6乳头瘤恶变成喉癌，皮肤疣状表皮发育不良（EV）是HPV潜在致癌作用的证据，EV皮损中发现多种HPV型DNA，并在患者皮肤鳞状细胞癌中检出HPV-5、8、14、17及20型，皮肤鳞状细胞癌似乎是由先已存在的病毒性损害恶变而来。
（二）尖锐湿疣与肛门生殖器癌：生殖器癌与HPV类型有一定的关系。利用DNA杂交技术发现生殖器癌组织中存在HPV-6、11、16、18型等。
1、宫颈癌：根据HPV与宫颈癌的关系，可将其分为两大类型：低危型主要指HPV-6、11型，高危型是指HPV-16、18型，Gissmann等观察到在侵袭性宫颈癌中，有57.4%患者存在着HPV-16、18型，其他学者也有相同发现。还有人从侵袭性宫颈癌中分离出HPV-33和35型。
2、皮肤鳞状细胞癌（SCC）：HPV感染而发生的CA也可能是癌前损害，并可发展成肛门生殖器SCC，这表明HPV是女阴、阴茎及肛门生殖器SCC的重要因素。CA，巨大CA和疣状SCC组成一个生殖器癌前病变和癌的损害病谱，有些部位生殖器癌病例在其周围皮肤有CA存在，有时肉眼见为典型的CA，但组织学检查中发现SCC的孤立病灶。
3、鲍温样丘疹病：常见于阴茎、女阴或肛门周围，曾在皮损内发现HPV-16型DNA。
