1、血象检查
血细胞计数显示中性粒细胞减少，血小板减少。
2、血生化检查
可有轻重不等的高结合胆红素血症（34.2～256.5μmol/L），血清碱性磷酸酶，γ-谷氨酸转酞酶及胆固醇显著升高，转氨酶可有增加，其他肝脏蛋白通常正常，可有轻度溶血，凝血时间延长，轻度酸中毒和提示先天性感染的脐血IgM增高，肝内胆管发育不良血中胆酸，胆固醇明显增高，后者可高达14.3～26.0mmol/L（550～1000mg/dl），谷丙转氨酶（ALT）轻度升高，碱性磷酸酶增高十分显著。
动态观察血胆红素对鉴别也有一定帮助，如逐渐下降，应考虑为肝炎，婴儿肝炎时血甲胎蛋白明显增高，而胆道闭锁时血碱性磷酸酶，5-核苷酸酶及低密度脂蛋白（lipoproteinX，LP-X）增高显著，但两者有少数重叠。
3、新生儿乙型肝炎病毒感染
除血液外乙型肝炎病毒可存在于大多数体液，包括乳汁，但粪便中似乎没有。
4、病原学检查
鼻咽部冲洗物，尿，大便和脑脊液可用于培养病毒，特殊的血清学检查可有助于诊断（TORCH效价）。
5、α1-抗胰蛋白酶（α1-AT）缺乏
实验室检查血清蛋白电泳α1球蛋白明显降低，胰蛋白酶抑制容量减少，免疫扩散法测定血清α1-AT浓度比正常减少50%以上，肝病理切片肝细胞内有耐淀粉酶的PAS染色阳性小体，但最可靠还是Pi基因型测定。
6、肝组织学检查
经皮肝穿刺所得的肝组织学检查可区分肝内或肝外胆汁淤积，但不能区分肝组织内的特殊感染原，例外的是巨细胞病毒可在肝细胞胆管上皮细胞胞浆内形成包涵体，以及疱疹病毒的核内嗜酸性包涵体，常见表现为小叶结构紊乱的局灶性坏死，多核巨细胞形成，肝细胞空泡样变，索样结构消失，肝细胞内和小管性胆汁淤积可以是持续性的，门脉改变不明显，但可出现新生结节增生和轻微纤维样变。
肝内胆管发育不良肝组织学改变为小叶间胆小管明显稀少，胆道闭锁病理特点为：胆管增生，早期肝细胞有胆红素淤积，胆小管有胆栓形成，门脉区炎症反应，小叶间有纤维化，肝小叶结构基本完好，而婴儿肝炎肝小叶结构变形，炎性细胞浸润明显，并有局灶性肝细胞坏死，胆小管病变相对较轻微。
肝的活组织检查可以在90%以上病例中区分胆汁淤积与胆管闭锁。
7、基因检查
有些基因遗传性先天代谢缺陷疾病，患儿的父母应尽早地做基因检查。
8、B超检查
胆管系统的超声检查可用于确定胆总管囊肿是否存在，如发现胆囊缺如或发育不良，应考虑为胆道闭锁，常伴有多脾综合征，腹内脏易位，肠回转不良，右位心及腹内血管畸形等，心血管的异常包括：末梢及瓣膜型肺血管狭窄（最常见），房间隔缺损，主动脉缩窄及法洛四联症。
9、X线检查
胆道闭锁常规做X线胸透可以显示多脾综合征的畸形，必要时长骨X线检查可发现肱骨，股骨，胫骨干骺端呈“芹菜梗样”改变。
10、CT和MRI检查
必要时CT和MRI检查可发现颅内钙化。
11、十二指肠引流液测定
十二指肠插管后，每2小时收集1次十二指肠液，直至发现胆汁或达24h，引流过程中可注入10～15ml25%硫酸镁，促进胆汁充分排泄，如发现有胆汁，即可排除胆道闭锁，24h仍无胆汁排出，胆道闭锁可能很大，最近有人测十二指肠液胆红素定量及胆酸定性，结果肝炎组21例，20例十二指肠液胆红素>17.1μmol/L（1mg/dl），胆酸阳性。胆道闭锁17例，胆红素均<17.1μmol/L（1mg/dl），胆酸均阴性。