小儿再障治疗方法有很多，常见的有支持疗法，治疗感染，其他保护措施等几种，需要根据患者的病程，病情不同进行选择。
第一，治疗感染
再生障碍性贫血患者发热，需要立即住院治疗，应按照中性粒细胞减少，发热的治疗原则来处理患者。发热患者应行肺部和鼻窦的检查，包括X线片和CT扫描。肺部和鼻窦感染者，常存在真菌感染。一般抗生素推荐联合应用抗生素，如β-内酰胺类抗生素+氨基糖苷类，有培养结果后，依药敏情况再选择针对性抗生素。
第二，支持疗法
输血以能改善患者贫血症状，缓解缺氧状态为宜，无需将血红蛋白水平纠正，至正常值。一般在Hb<60g/L时输注，或伴有难以耐受的贫血症状。尽量输注输红细胞，全血无红细胞时可以考虑，具体量随病情而定。即使再障患者白细胞，或/及血小板数减少，其贫血都应该输浓缩红细胞，而不是输全血。有发生心力衰竭风险者，控制输注速度，2～4小时予以1个单位红细胞，可适当予以利尿剂。拟行异基因造血干细胞移植者，应输注经辐照后的红细胞，和血小板。
第三，其他保护措施
再生障碍性贫血患者，可以发生细菌、病毒及真菌感染。重型再障患者，由于严重，和长期的中性粒细胞减少，可以发生致命性的曲霉菌感染。对于中性粒细胞《0.2×109/L者，需预防性应用抗生素，及抗真菌药物，并且注意饮食，避免细菌及真菌污染。中性粒细胞（0.2-0.5）×109/L者预防用药，利弊尚难确定，依患者既往感染情况定。预防感染应注意饮食及环境卫生，重型再障保护性隔离；避免出血，防止外伤及剧烈活动；杜绝接触危险因素，包括对骨髓有损伤，作用和抑制血小板功能的药物；必要的心理护理。
小儿再生障碍性贫血是由于生物、化学、物理等因素，导致造血组织功能减退，或衰竭而引起全血细胞减少，临床表现为贫血、出血、感染等症状的一组综合症，是造血系统比较常见的疾病。正规的检查是，小儿再生障碍性贫血选择治疗，发放的重要依据。