咖啡因对那些胰岛素本来就不够的人有不良影响，咖啡因对潜在的2型糖尿病患者有不良影响，可能引发2型糖尿病。2型糖尿病是加拿大最普遍的糖尿病，占所有糖尿病患者的90%。
吸烟者若每日饮3杯或更多的咖啡，能使他们患胰腺癌的可能性增加4倍。咖啡因对正常细胞有不良的影响，它可促使细胞老化，确认咖啡是一种有潜在危险的饮料，认为咖啡因对胰腺癌的形成有不可忽视的影响，常饮咖啡的人比不饮咖啡的人患胰腺癌的可能性大2-3倍，目前，每年大约有2万人死于胰腺癌，其中至少有半数以上是由于饮用咖啡而引起的。
饮咖啡的人较易得膀胱癌，尤其是对女性危害更大，如果将每日只饮半杯或不饮咖啡者患膀胱癌的危险性定为1，那么在每天喝3杯咖啡以上的人中，男性患膀胱癌的危险性为1.31，女性患膀胱癌的危险性为2.19。日本的科研报告也称，男性胃癌的一些患者中，不少人喜欢饮用咖啡。
目前有几种推测，一是认为咖啡的主要成分咖啡因起诱发肿瘤的作用；另一是认为在制造咖啡的工艺过程中，产生类似罂粟样物质，后者有致癌作用。
孕妇如饮用咖啡或其他含咖啡因的饮料，容易流产，即使不流产，生产的胎儿体重也有可能较轻。然而，这个结果目前也有争议。孕妇少量饮用咖啡或其他含有咖啡因的饮料可能不会对胎儿造成什么危害。不过，大多都承认孕妇不宜多喝咖啡。
咖啡中所含的咖啡因成分，具有轻度中枢神经刺激作用，适当饮用可减轻疲劳感、增强记忆、推理及智力，听觉及视觉反应也变得敏锐。同时，长期吸收过量咖啡因可能引发高血压。有报告显示，曾有19名自愿接受试验者，吃了一颗500毫克咖啡因药丸（相当于5杯咖啡）之后，血压都有一定程度的增高深入探讨咖啡对骨质疏松症、高血压、心脏病、减肥、怀孕及早产等健康问题的可能影响。
咖啡因虽然并非是让人上瘾的毒品，要戒掉咖啡因不能过于突然，以免引起类似偏头痛的毛病或是引发脾气暴躁。要戒掉咖啡，最好采取渐进方式，每天减一些，直到减少到3杯以下为止。减量期间若感到头痛，暂时还是维持现量，不痛了再继续减。
