丙肝的治疗应掌握如下原则：
联合治疗，标本兼治丙肝治疗的根本目的是彻底清除体内的丙肝病毒，目前尚难以达到此目的。但是最大限度地抑制病毒复制，延缓和减轻肝脏损害，尽量避免发展为肝硬化，改善患者生活质量是有可能实现的目标。目前治疗丙肝多采取抗病毒联合治疗（治本），同时辅助保肝护肝恢复肝功能的制剂（治标）。
抗病毒治疗经历了由α-干扰素向聚乙二醇化干扰素过度，目前聚乙二醇化干扰素联合利巴韦林已成为疗效最佳的抗病毒方案。如果用药物得当，可以使3/4的患者获得抗病毒应答效应。针对丙肝患者肝功异常，还可以配合使用一些保肝护肝药物，如甘利欣、肝炎灵等，这样可以促进肝细胞再生，减轻肝脏炎症反应。
因人而异，掌握时机使用抗病毒联合治疗方案并非人人皆宜，而是要严格掌握适应症。只有符合治疗指征，才能获得满意的疗效。使用抗病毒联合治疗应该具备如下指征：转氨酶反复升高，或肝组织学检查提示有明显的炎症坏死或中度以上肝纤维化。如果肝功能检测正常，但是肝组织学检查提示有炎症活动和明显肝纤维化，也应给与抗病毒治疗。早期肝硬化（代偿期肝硬化）患者可以在严密观察下进行抗病毒治疗。
对于儿童和老年丙肝患者，原则上也应该进行抗病毒治疗，但是对于患者的情况要区别对待，选择治疗对象，最好是对药物有良好的耐受性，没有合并其他疾病（如高血压、冠心病等）。对于酗酒和吸毒患者，应该首先戒酒戒烟，之后再给于治疗。对于肾功能障碍者不宜使用干扰素治疗。患者在接受抗病毒治疗之前，需要先进行丙肝病毒基因分型和定量检测，因为病毒基因分型不同，病毒载量不同，使用的药物剂量和疗程都有所不同。
量力而行，制订方案聚乙二醇化干扰素联合利巴韦林治疗丙肝疗效虽然较好，但是治疗时间需要48周，治疗经费需要6万元以上，患者是否有经济实力完成整个治疗非常重要。如果患者无力支付如此高昂的治疗费用，可以退而求其次，选择普通α-干扰素联合利巴韦林，治疗费用就会大大降低，但是疗效也会逊色一些。