一、非淋病具有一定的隐传性，特别是女性表现得更为突出，由于早期症状不典型，而误诊为一般炎症，延误最佳治疗时机。待症状明显后，特别是引起并发症后再治疗，疗效很差。于是导致久治不愈。
二、非淋病久治不愈的另一个原因是病菌（支、衣原体）产生了耐药性，从临床观察可分为低度耐药和高度耐药。低度耐药者，用抗生素治疗有效，能使症状暂时消失或减轻，但停药后，症状又出现，再用抗生素治疗，疗效就降低很多。这种用抗生素有效，但达不到治愈的称为低度耐药。高度耐药者，无论用什么样的抗生素、无论用量有多大，病情不但不减轻还加重，这称为高度耐药。
为什么会出现耐药性，这是个复杂的社会问题。我国是滥用抗生素的大国，存在诸多用药怪现状。如患者一开始治疗，医生为了追求利润就选用最高档最昂贵的抗生素，虽能使症状暂时消失或减轻，但停药后不久，病情又复发。患者就再进行治疗，结果还是大量使用高档昂贵的抗生素。就这样再复发再治疗周而复始的进行，使病菌对抗生素产生了耐药性。
专家介绍说大量耐药菌的产生，使难治性的患者越来越多，我们在临床上发现很多患者第一次用抗生素就无效。就这个问题我们进行了深入的调查研究发现了其中的原因。如这个人感染上了支、衣原体病菌，病菌在她身上已经产生了高度耐药性。如果这个人再把病菌传给另一个人，这个人同样对抗生素也是高度耐药。这就是一开始用抗生素来治疗无效的根本原因，也是非淋病人数增多的重要原因。
特别是引起并发症后，如女性引起子宫内膜炎、输卵管炎等并发症后，再用抗生素治疗效果更差。但是无论大医院、小医院只要有这样的患者就诊，医生明知再用抗生素也治不愈，但照样使用大量的抗生素，这可以说这是极大的浪费和不负责任。
还有不少患者已经用过各种抗生素治疗过，但尿道痒疼不适、会阴肛门坠胀疼、小腹胀疼等症状明显存在，但化验结果是阴性。有些医生及患者本人凭化验结果是阴性就断定非淋病治好了。实际上这样断定是不科学的，也是不合理的。化验不是100%的准确，也不是100%的科学，特别是对慢性病，化验结果根本说明不了什么问题。这是一般医生都知道的。就是患者本人只要冷静客观的想一想也应该明白。就这个问题我们进行了深入的研究，结果表明：不是没有病菌存在，只是目前的检测水平低，检测不出罢了。另一原因是大量使用抗生素病菌会呈假阴性。因此对慢性非淋病是否治愈不能以化验结果来定论。还应以明显的症状来确定。这才是科学的合理的。中医辩病治病就是以症状为准。没有症状，也就失去了治疗价值，所以患者要想治好病，一定要全面详细填写专用病历，专家会诊后制定正确的治疗方案。
