阴茎癌应在病理证实后才开始治疗，以避免病人不必要的痛苦和精神创伤。制订治疗方案须以组织学类型、病理分级、临床分期和病人全身情况为依据。诊断一经明确，即行手术治疗，放射治疗和化学治疗作为一种配合手术的辅助措施，对提高治愈率和生存率有一定作用。
1、手术治疗
包括原发癌肿的手术和腹股沟淋巴结的手术。
（1）阴茎局部切除术：阴茎癌呈浸润性生长，局部切除复发率高达25%～45%，须慎重选用。仅适用于：
①局限于包皮的癌肿，可单纯施行包皮环切术；
②位于阴茎头的外生疣块型癌肿，直径0.7cm以内，未浸润阴茎海绵体者；
③疣状癌位于阴茎头，基底不超过阴茎头半径者。
切除范围应距癌肿边缘0.5cm，深部切至阴茎海绵体。切除标本须经全面病理检查，尤其是边缘，若切除不彻底须改行阴茎部分切除术。施行局部切除术的病人，必须定期随访。
（2）阴茎部分切除术：治疗阴茎癌原发灶效果肯定，最为常用。适用于：
①位于阴茎头、包皮、冠状沟及阴茎体远端的Ⅰ-Ⅱ期阴茎癌；
②侵及阴茎体的Ⅲ期阴茎癌，距肿瘤近缘2cm切除后阴茎海绵体残留3cm以上者。
若为年轻病人，阴茎海绵体残留2.5cm者也可施行阴茎部分切除术，但需切除大部分阴囊，并用阴囊皮肤行阴茎尿道成形术。
（3）阴茎全切除术加尿道会阴部造口术：
①癌肿较大、侵及阴茎体，癌肿近端正常阴茎海绵体不足3cm者；
②组织学Ⅲ-Ⅳ级的内生浸润型癌肿；
③阴茎部分切除术后残端复发者；
④临床Ⅲ-Ⅳ期，阴茎根部浸润不明显者；
⑤尿道受累出现排尿不畅、梗阻或并发尿道瘘者；
⑥阴茎体部癌肿，大部分恶性程度高，即使癌肿较小，也宜行阴茎全切除术。
切除范围为紧贴耻骨上支切断阴茎海绵体脚，切除全部阴茎海绵体、阴茎皮肤和阴茎根部周围软组织。
（4）腹股沟淋巴结清扫术：阴茎癌首先经淋巴转移至腹股沟淋巴结，腹股沟淋巴结的正确处理为提高治愈率的一个关键。但应灵活掌握手术的适应证、手术时间和手术范围。腹股沟淋巴结清扫术宜分期进行，最好于阴茎原发癌肿切除后2～3周施行。在此期间应用抗生素可减少或避免伤口感染。仅少数局部感染不重者可一期施行手术。
2、放射治疗
阴茎癌放射治疗有保持阴茎完整、病人痛苦小等优点。放射治疗的指征是：
①原发性癌肿位于阴茎头部，直径<2cm，无腹股沟淋巴结转移者；
②癌肿为外生疣块型，浸润阴茎筋膜浅层；
③组织学癌细胞分化较低的癌肿对放射治疗敏感；
④年轻病人，尤其是拒绝手术治疗者；
⑤有腹股沟淋巴结转移者，手术前、后放射治疗可提高治愈率；
⑥晚期病人可缓解症状，延长寿命。
阴茎癌的放射治疗应根据癌肿的大小和浸润的程度选用不同能量的常规X线治疗：腹股沟淋巴结转移用60Co治疗，一般作预防性照射；阴茎照射范围视病灶大小而定，一般要超出病灶1～2cm，行部分或全阴茎照射。腹股沟的照射要包括区域淋巴结，照射剂量为60Gy（6周内30次）。放射治疗的5年生存率：Ⅰ、Ⅱ期病例可达100%，Ⅲ期病例降为31%
3、化学药物治疗
化学药物疗法适用于晚期不能手术的病例。以及配合手术和放射治疗。以往常用的抗癌药物有氟尿嘧啶和环磷酰胺等，但效果都不好，目前认为甲氨蝶呤、长春新碱和博来霉素联合应用效果较好，亦有人用顺铂治疗。
阴茎癌无两侧腹股沟淋巴结转移者，经手术治疗，治疗愈率为90%，已有淋巴结转移者，5年生存率为19～38%。另外，年轻病例、癌肿转移早、预后差。