对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂、囊蒂扭转或囊内出血等并发症，进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据囊肿的大小、部位和病人的全身情况和自觉症状而定。体检中偶尔发现的无症状的孤立性肝囊肿可以暂时采用保守治疗，利用超声检查定期观察，需要警惕恶变的的发生。大的肝囊肿有症状出现者最好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发，并且带来细菌污染可能。多囊肝通常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏，除非采用肝移植，否则不能根治本病。然而，多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。可根据具体条件用以下手术方法：
1、肝切除术；
2、囊肿切除术；
3、囊肿开窗术或囊肿大部切除术；
4、囊肿内引流术；
5、囊肿穿刺抽液及硬化术。
术后饮食
多吃新鲜蔬果、控制糖类食物摄入，补充优质蛋白质如蛋禽类鱼虾类等，忌烟酒辛辣烧烤烟熏油炸腌制食物。易消化、高热量、高维生素、低脂肪饮食，卧床休息。 养肝的首选的食物为谷类，如糯米、黑米、高梁、黍米；其次为红枣、桂圆、核桃、栗子；还有肉鱼类。
术后护理
1、同一般肝脏手术。
2、鼓励患者尽早下床活动以利引流和囊液的吸收。
3、引流管接无菌袋，若无胆汁引出2～3d内拔除。
4、术后应复查B超或CT了解手术效果。
注意事项
1、术中应注意开窗必须够大，一般至少应达囊肿直径的1/3以上。部分疗效不满意的病例，通常是因开窗较小，引流口与周围组织粘连而封闭，致使囊液又积蓄在囊腔内，因此开窗应尽可能将无肝组织的囊壁切除，至少在1/3以上，使开口尽量扩大，并可减少残留囊肿的分泌量。
2、切缘应仔细缝扎止血。
3、对存在并发症的囊肿，应先处理并发症。当囊液内混有胆汁时，在囊壁部分切除后，应注意寻找胆管开口，并予以妥善缝扎，必要时可行胆总管切开“T”管引流术，以利胆瘘的闭合。多房性肝囊肿的房间隔常有较多血管支，有的较粗大，由于囊内压力高致使血管腔萎缩，常不易辨认，如不慎损伤则出血量较大，故在处理房间隔时、必须在直视下进行。合并囊内感染或脓肿，可在囊内放置引流管引出腹外。待感染控制后，可经引流管注入硬化剂以使残腔闭合。
4、尽量避免囊肿-空肠吻合术以免引流不充分而发生感染。如果确有需要亦仅用于合并胆瘘的孤立性巨大囊肿，禁用于多囊肝以免感染波及邻近的囊肿而导致无法控制的严重后果。行囊肿-肠道吻合时，应最大限度地切除囊壁，并做到低位引流。