肝囊肿是胚胎发育过程中小胆管发育障碍造成的。在胚胎发育过程中，小胆管应该在早期退化消失，但是由于发育异常或出现炎症或上皮阻塞，小胆管没有消失，也没有和正常的胆道相交通，导致囊液潴留形成囊肿。　　肝囊肿在临床上有先天性肝囊肿，创伤性肝囊肿，炎症性肝囊肿，肿瘤性肝囊肿，寄生虫性肝囊肿等不同类别，引起的原因也有所不同。　　先天性囊肿是一种胚胎发育障碍性疾病，是一种良性的、先天性的疾病。不是肿瘤，不是癌症，也很少癌变，只是肝脏里面的一个“小水球”，球壁是上皮细胞，球内是水，上皮细胞产生水，使水球不断膨胀变大。　　创伤性肝囊肿是肝脏外伤后的血肿或组织坏死液化形成的一个囊腔，因为它不是一个真正的囊肿，所以也把它叫做假性囊肿。　　炎症性肝囊肿是由胆管发炎或结石梗阻引起的胆管囊状扩张，内容物是胆汁，也叫胆汁潴留性囊肿。　　肿瘤性囊肿包括畸胎瘤、囊状淋巴管瘤、囊腺瘤等。　　寄生虫性囊肿主要是肝包虫性囊肿，病人在牧区接触犬、羊或直接食入棘球蚴绦虫卵后，虫卵在肠道孵化成幼虫进入血液停留肝脏生长发育成包虫成虫，并在肝脏内形成包虫生活的一个“窝”，这个“窝”就叫肝脏包虫囊肿。

90%的肝囊肿是胚胎发育过程中小胆管发育异常或出现炎症或上皮阻塞，小胆管没有消失，也没有和正常的胆道相交通，导致囊液潴留形成囊肿。创伤性肝囊肿是肝脏外伤后的血肿或组织坏死液化形成的一个囊腔。炎症性肝囊肿是由胆管发炎或结石梗阻引起的胆管囊状扩张。肿瘤性囊肿包括畸胎瘤、囊状淋巴管瘤、囊腺瘤等。寄生虫性囊肿主要是肝包虫性囊肿，病人在感染棘球蚴绦虫卵后，在肝脏内形成包虫生活的一个“窝”。

肝囊肿病因大多数系肝内小胆管发育障碍所致 ,单发性肝囊肿的发生是由于异位胆管造成。肝囊肿生长缓慢 ,所以可能长期或终生无症状 ,其临床表现也随囊肿位置,大小,数目以及有无压迫邻近器官和有无并发症而异。