随着人们对幽门螺杆菌（Hp）感染相关疾病认识的统一，根除（eradication）Hp的治疗在临床上应用已十分普遍。根除是指治疗结束1个月后胃内检测不到Hp。在体外药敏试验中，很多抗生素对Hp有良好的抗菌活性，但在体内低pH环境中，大多数抗生素活性降低和不能穿透黏液层在细菌局部达到有效的杀菌浓度，因此临床上Hp感染往往不易根除。迄今为止，尚无单一抗生素能够有效地根除Hp。因而发展了将抗生素、铋剂及抗分泌药物联合应用的多种治疗方案。目前一般采用三联或四联方案，以低剂量、短疗程为佳。
幽门螺杆菌感染现在主要靠抗幽门螺杆菌药物进行治疗。尽管幽门螺杆菌在体外对许多抗菌药物都很敏感，但是在体内用药并不那样如意。目前不提倡用单一的抗菌药物，因为它的治愈率较低，且易产生耐药性。幽门螺杆菌（Hp）感染治疗方案的选择原则主要有以下方面：
1、采用联合用药方法；
2、幽门螺杆菌的根除率>80%，最好在90%以上；
3、无明显副作用，病人耐受性好；
4、病人经济上可承受性。判断幽门螺杆菌感染的治疗效果应根据幽门螺杆菌的根除率，根除是指治疗终止后至少在一个月后，通过细菌学、病理组织学或同位素示踪方法证实无细菌生长。
根除幽门螺杆菌前应先注意口腔卫生，使用一段时间漱口水和抑菌牙膏修复口腔问题，如蛀牙、牙垢、牙结石等，可以先更换牙具。口杯、水杯、不锈钢保温杯不要混用，并且经常要蒸煮消毒，特别是在药物治疗期间，分餐消毒碗筷。
目前国内外常用的抗幽门螺杆菌药物有胃复春片、羟氨苄青霉素、甲硝唑、克拉霉素、强力霉素、呋喃唑酮、有机胶态铋剂、胃得乐、乐得胃等。溃疡病患者尚可适当结合应用质子泵抑制剂或H2受体拮抗剂加上两种抗生素，或者质子泵抑制剂（如奥美拉唑）加上一种抗生素，疗程一般为两个星期。由于治疗幽门螺杆菌感染的抗菌方案的广泛应用，有可能扩大耐药性问题的产生。因此，将来替换性的治疗或预防策略，如疫苗预防或免疫治疗的研究是值得重视的。