这意味着他必须做一个性别转变手术。经常在许可手术前需要精神病医生估价申请者是否是一个真正的性转变者。少数情况下甚至连精神病医生也被欺骗了。在性别转变者的人群中是一个契约，他们知道在术前怎么说话，问什么和其应有的反应是什么。
一旦被编入真正的性别转变者，就可以开始治疗，首先口服女性激素乙烯雌酚，用电针去除不愿要的毛发，有时通过矫形手术扩大乳房。外表女性化的过程要经过两年时间。然后再进行手术改变外生殖器。
已经设计了许多手术技术去造外阴唇和阴道。一种方法是取一短段的大肠做成阴道。另一种方法是使用从身体其他部分取来的块皮肤，卷在一处管子上做阴道，可能最聪明的技术是利用阴茎皮肤形成阴道，以我看来这种技术最适合。
麻醉生效后，病人两腿放在镫形架上，体们像做前列腺电切手术或生孩子一样，经阴茎头尿道外口插入一导管，通过尿道进入膀胱。在近阴茎头处做环形切开，阴茎体部的皮肤推向身体部，内里的阴茎部分要仔细地切除而不能损坏尿道。
然后将阴茎的外部皮肤推进去做成一个阴道。转入的皮肤不得不通过切除和牵拉到耻骨下适当的位置上。还要把阴囊皮肤做成类似于外阴唇的模样，多余的皮肤切除。要仔细地保护尿道，在新的阴道中线处将有导管的尿道留出适当的长度，多余的部分切除。然后在新的阴道上开一小口将尿道从小口拖出并固定在此处。
由于皮肤自然趋向于挛缩，手术建造的阴道趋向于闭合，需用各种大小不同的矫形棒扩张阴道，维持适应的大小。开始要每天扩张，以后且手指扩张以能维持阴道大小。
在男转女的性别改变手术中有许多并发症，术后立即出现的并发症包括，血液内积，切口感染，耻骨感染，尿道和阴道之间有瘘道形成。延期出现的并发症包括缝到皮肤处的尿道外口狭窄、尿路感染、前列腺炎和阴道闭锁。
许多结果也难确定，阴囊作的阴唇不是太狭小就是过宽大；尿道开口可能吊得太高，给排尿造成严重破坏阴唇和阴道不匹配。最后即使外科医生对结果很满意，但距病人的期望甚远。
关于女变男的性变手术女性较男性公开的要求性别改变者少。虽两性要求性别转变的频率相等，但女转男时多偷偷摸摸不好意思，因此也就少了。或许妇女认识到手术难度更大，女变男的转变更容易失败。
今天，医生企图从腹部先做一管状皮瓣来制作一个阴茎，并以阴唇制作一个阴囊。已经表明从原来尿道口上创造一连续的导管通过新阴茎是一令人生畏的任务。而且即使植上一个阴茎和睾丸假体，在手术制造孤阴茎上也无性感。多数中心已放弃了这种性别转变手术。
