甲感染真菌的趋向可能与遗传、糖尿并局部动静脉循环和淋巴回流障碍、周围神经性疾病等因素有关。灰指甲的原因主要在潮湿环境及经常受外伤的指趾甲容易被真菌感染。

趾甲真菌病大多由足癣直接传播，指甲真菌病则可能从手癣传播或由经常抓足而感染，甲真菌病在足趾比手指更多见。甲真菌病的病原菌包括皮肤癣菌、酵母菌和霉菌。皮肤癣菌最常见为红色毛癣菌、须癣毛癣菌和絮状表皮癣菌。

同一甲可感染两种癣菌、两种皮肤癣菌加一种酵母菌（包括马拉色菌）或皮肤癣菌加酵母菌和霉菌等。 灰指甲的原因常由红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状表皮毛癣菌等引起。

其他如许兰氏毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌、同心性毛癣菌都可引起甲癣。真菌性白甲常由石膏样毛癣菌引起，偶尔也可以由头孢子菌、镰刀菌及土色曲霉等引起。

灰指甲的原因多由其他丝状真菌、酵母样菌及酵母菌等引起。大多见于营养不良的指（趾）甲。现已肯定白念珠菌及短帚霉菌可致甲真菌病。近年来，发现拟平滑念珠菌等也常可致甲真菌病。

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