1、检查项目不同
乙肝五项检查即乙肝两对半检查，包括乙肝表面抗原（HBsAg）、乙肝表面抗体（HBsAb）、乙肝e抗原（HBeAg）、乙肝e抗体（HBeAb）、乙肝核心抗体（HBcAb）五项。
肝功能检查项目包括：胆红素、白蛋白、球蛋白、转氨酶、r-谷氨酰转肽酶等肝功能。
2、检查要求不同
乙肝五项检查一般没有空腹的要求，但肝功能检查一般要求保持空腹8-12小时以上，因为肝功能检查中有胆红素检查的项目，当人体进食物后，胆囊分泌的胆汁会与被消化的食物一起吸收，引起血中总胆红素的升高，会影响到肝功能检查结果的准确性。
3、意义不同
乙肝检查中乙肝五项和肝功能检查的作用不同，其意义也不同，通过乙肝五项检查可以判断人体是否感染乙肝或区分病情，而肝功能则是查看肝脏有无受损或受损情况，以便更好的判断人们健康问题。乙肝五项检查是判断人们是否感染乙肝病毒或粗略估计乙肝病毒复制水平，乙肝五项对患者体内是否感染了乙肝病毒是否得了乙肝，是否有抗体，或者对乙肝病毒的复制水平给出个大体描述，是判断乙肝病情的一个重要的检查项目。常见的病例有检查项目中1.3.5为阳性即乙肝大三阳患者，1.4.5为阳性即乙肝小三阳患者。
乙肝五项就是我们常说的乙肝两对半，乙肝五项检查是用来判断是否感染乙肝病毒或粗略估计乙肝病毒复制水平的初步检查，乙肝五项对于病情严重程度的评估参考性不大，乙肝五项只能简单的区别乙肝大三阳、乙肝小三阳或是已产生乙肝抗体。
肝功能是反映肝脏整体功能的一项指标，是衡量肝脏是否有肝细胞坏死或炎症存在的重要检查。肝功能是反映肝脏的生理功能，肝功能检查在于探测肝脏有无疾病、肝脏损害程度以及查明肝病原因、判断预后和鉴别发生黄疸的病因等。肝功能的检测对于肝脏疾病，如肝炎，肝硬化等疾病的判断极为敏感和重要。当这些病变时，首先影响到肝脏的代谢功能、免疫功能、合成功能等，使得这些及其敏感的指标在肝功能检查中体现出来。
可以这么说，乙肝五项只是肝功检查的一个方面。乙肝五项不能反映肝脏的损伤程度和体内病毒数量。一般来说，确诊病情，只检查乙肝五项是不行的，需要结合其他肝功检查项目来确定。
所以，乙肝五项检查和肝功能检查属于不同的概念，乙肝五项与肝功能检查的区别最本质的在于：乙肝五项检查是用来判断人体携带乙肝病毒的状态，而肝功能检查却是用来判断肝损伤程度的检查。乙肝患者通过这些检查能够判断患者的病情，对乙肝疗法的制定提供重要的依据。