近几年来的研究发现，在肝外的很多器官组织中，也能检测到乙型肝炎病毒抗原(HBsAg、HBcAg、HBeAg)和乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸(HBV-DNA)。它们以免疫复合物的形式沉积于肝外的器官组织中，在临床上可以引起很多疾病。
一、对动脉血管的侵犯
乙型肝炎病毒可侵犯动脉血管而发生结节性多动脉炎。此病的特点是起病时有发热现象，表现为多发性关节炎、肌肉痛、荨麻疹或其它皮疹，同时存在着进行性多发性神经炎、高血压、嗜酸性坏死等症状，另外，血管周围还有细胞浸润。约1/3患者的病情发展较快，预后差。大多数患者常与慢性迁延性肝炎或慢性活动性肝炎一起形成双重炎症。
二、对血液的侵犯
急性乙型肝炎患者常有不同程度的血液改变和骨髓再生障碍，开始时白细胞、血小板和淋巴细胞均减少，以后相继出现淋巴细胞及巨幼红细胞相对增多，并伴红细胞寿命缩短等现象。被确诊为肝炎后，患者可发生再生障碍性贫血，且男多于女。此病进展较快，患者宜早期进行骨髓移植。
三、对皮肤的侵犯
皮肤病变在关节症状出现后不久出现。有半数的病人可出现红斑、丘疹或淤斑，最后发展成为血管神经性水肿或伴有发热，形成血清病样综合征。而丘疹性皮炎常出现于肝炎发病前。成人丘疹的直径约为5～10毫米，儿童为1～2毫米，常呈滤泡状排列，并且容易剥脱，手部和足背的皮疹易融合。另外，患者四肢和面部还常出现单一皮疹，但粘膜及躯干部位的皮疹少见。此类患者在急性期局部淋巴结肿大明显，同时伴有肝脾肿大。
四、对肾、胰、胆、心脏等器官的侵犯
乙型肝炎病毒侵犯肾、胰、胆、心脏等器官时可引起肾小球肾炎、急性胰腺炎、胆管炎、胆囊炎、心肌病和粒细胞缺乏症等疾病。还有人认为乙型肝炎病毒很可能在艾滋病病因学中起着重要的作用。
五、对关节的侵犯
在急性乙型肝炎前期，约20%～40%的患者会发生关节痛，但这种症状往往被忽视。这种关节痛的临床特点是起病突，关节长期强直，严重者伴有肌肉痛。在此类患者中，80%以上的人为近端指间关节受累，约30%的患者为膝关节受累，且多为对称性，其表现颇像风湿性关节炎急性发作。这种关节疼痛症状一般可持续20天左右。
六、可引起混合性冷凝球蛋白血症
此病是指含有两种以上免疫球蛋白(通常是IgG、IgM)的冷凝球蛋白血症，其表现为典型的三联征：乏力、紫癜、关节痛。此症与结节性多动脉炎不同的是，患者无嗜酸性粒细胞增多，而且腹部和神经症状少见，但可有各部位的脉管炎，而且这种典型的脉管炎特别易侵犯肾脏。
七、对神经系统的侵犯
乙型肝炎病毒侵犯神经系统时易并发脑膜脑炎，同时还可引起多发性神经根炎或多发性神经炎伴上升麻痹及细胞蛋白分离，即格林-巴利综合征。