肝癌的发生、发展是多因素、多阶段、多基因相互作用的结果，包括病毒感染、致癌物的作用、增殖调节失控、癌基因的激活和抑癌基因的失活和细胞的凋亡等。本文从分子水平对肝癌的发生机制作一综述。
一、肝癌与病毒感染
乙型肝炎病毒感染是肝癌病因学的主要因素。近几年，人们发现了HBV基因编码17kDa的多功能蛋白，命名为x蛋白，也称HbxAg，是病毒基因组转录所必须，能影响HCC形成和发展的多个环节，与慢性HBV感染者发展为肝癌密切相关。研究了47例肝癌病人，HBV感染者43例，感染阳性率为91.5%，而其中HBsAg阳性者28例，占感染阳性例数的65.1%，抗-HBc阳性34例，占感染阳性例数的79.1%。研究发现，肝癌病人乙型肝炎标志物阳性为95%，HBsAg、抗-HBe阳性组占55%，认为肝癌的发生与HBV感染密切相关。
二、肝细胞增殖与肝癌发生：
肝癌发生与肝细胞的增殖调节失控有关，肝细胞增殖活性的持续升高是引起肝脏损害并最终发生肝癌的重要危险因素之一。
肝癌发生不同时期肝细胞增殖和凋亡进行了研究，发现在肝癌形成的各个阶段，凋亡和增殖均有不同程度的增加，但其增加程度不同，细胞的增殖速度高于凋亡速度，细胞数量净增加，增殖和凋亡的平衡打破最终引起肝癌的发生。在肝硬化和慢性肝炎等肝脏疾病中，肝脏损伤后伴有持续的肝细胞增殖，细胞增殖引起的DNA突变得以保留，并迅速克隆性扩张，最后引起肝癌的发生。
通过对肝癌病人肝组织细胞凋亡、增殖及肿瘤抑制基因p53的研究，发现肝癌的发生、发展，细胞分裂失控，细胞增殖活性的升高是主要的因素。大部分肝癌早期首先出现细胞分化良好的结节，此种结节与周围正常组织界限不明显，直至内部发生具有较高增殖活力的分化较差的组织，即病理上描述的结节内结节现象。中度至高度分化不良组织逐步取代早期分化良好的组织，至直径2cm~3cm时，最初分化良好的组织被完全代替，呈现典型肝细胞肝癌的生物学特点。