肝穿刺活体组织检查对肝病的诊断和预后是有价值的，危险性极小。操作在局麻下施行，病人仅有轻度不适。目前临床应用的负压吸引技术在超声波的指导下实施，简单、安全，已在临床上广泛应用。
（l）用于肝内外疾病的鉴别诊断：肝脾肿大、肝区痛、肝功能异常影像检查，很难与病毒性肝炎区别，此时应进行肝穿刺。症状不多，但黄疸明显，肝脏亦明显肿大，甲胎蛋白检测滴度较高，碱性磷酸酶或转肽酶滴度很高，此时亦应进行肝穿刺明确诊断。
（2）鉴别黄疸的性质和原因：病史、临床实验室检查后仍不能确定黄疸的病因时可以作肝脏活体组织检查。Gilbert氏病，Dubin-Johnson氏综合征，Rotor氏综合症等，可经肝穿刺而确诊。但需指出，深度黄疸患者作肝穿刺是有危险的，只在观察治疗8周后诊断仍不十分明确时，才考虑作肝脏活体组织检查。
（3）鉴别肝炎的临床类型：慢性肝炎的病理分类，单靠临床难以分清，但它们的预后不一样。慢性活动性肝炎和早期肝硬变的鉴别也很困难，慢性活动性肝炎经适当调治，病变是可逆转的，若肝硬变出现，是难以逆转的。病毒性肝炎而又无明确的实验室指标时，肝穿刺活检能提供明确的病理诊断以指导临床治疗及预后的判断。
（4）作为判断药物治疗效果的指标：药物的疗效不能单凭患者主观感觉，化验检查也受各种技术因素的影响，而肝穿刺提供的肝组织依据比较客观确切。
（5）明确酒精性肝硬化的诊断与分期：其检查结果常具有特征性，而且可发现不可逆性肝纤维化与可逆性炎症的程度。
（6）诊断肝脏肉芽肿病变和其他病变：如肝结核、波浪热、组织胞浆菌病、球孢子菌病、黄疸出血型钩端螺旋体病及肝阿米巴病、立克次氏体病、蠕虫病等。
（7）诊断肝脏有无浸润性病变以及某些代谢性病变，如肝脏肿瘤、肝糖元累积病、肝脏淀粉样变性、单核巨噬系统疾病、肝豆状核变性、血色病等。