乙型肝炎患者的预后绝大多数良好，急性者90%以上在3个月内可完全治愈，仅有10%转变为慢性；慢性乙型肝炎患者中的90%左右可以稳定于轻度迁延性病变阶段，10%左右可能发生肝硬化，其中极少数最终演变成原发性肝癌。乙型肝炎总的病死率较低。影响乙型肝炎预后的因素如下：
（1）感染病毒的时间：一般来说，近期感染乙型肝炎病毒，造成急性肝炎发病者，一般恢复顺利；从小就感染或是通过母婴或父婴垂直传播而感染者，往往长期携带病毒，存在随时可能发病的潜在危险。
（2）病情的轻重：一般急、慢性乙型肝炎，病变为轻度或中度，肝细胞实质性损害不重，不会引起肝细胞大惩实质性坏死，经休息、合理用药治疗后，多能治愈；亚急生或急性暴发性肝炎，肝脏损害严重，肝细胞坏死并广泛溶解，并发症多，病死率高。
（3）是否伴有其他疾病：合并有其他疾病，如血吸虫病、胆管感染、溃疡病、糖尿病、肾病等，预后较差。乙型肝炎患者若重叠感染其他肝炎病毒（如合并有甲型、戊型、丙型或丁型肝炎病毒），病情加重，可能最终导致重症肝炎。
（4）妊娠：妊娠期尤其妊娠晚期合并乙型肝炎，或同时合并妊娠高血压综合征者，预后凶险、病死率高。
（5）感染乙型肝炎病毒的年龄：年龄越小，越容易形成慢性肝炎，甚至终身携带病毒。年龄在20岁以上的感染者，恢复较快，不易演变成慢性肝炎，这可能与成人健全的免疫机制以及肝细胞的修复和再生能力强有关。
（6）性别：男性比女性易发生迁延性或慢性肝炎、肝硬化，预后差。
（7）免疫状态：患者免疫功能强，恢复较好，否则较差。小儿和老年人血液循环中T淋巴细胞绝对值减少，细胞免疫功能低下，易转变为慢性肝炎或成为慢性病毒携带者。
（8）治疗的早晚：早发现、早治疗，在医生的正确指导下，充分休息，合理饮食及用药，则预后较好。
（9）遗传因素：我国乙型肝炎家族聚集性特点十分突出，直系血亲往往连带，其病毒结构、基因特点一致，导致的最终结局也大致相同。基因因素是目前重点研究的内容之一，基因治疗、基因疫苗可能是未来攻克乙型肝炎的良策。
（10）其他因素：急性期过劳、饮酒、应用对肝脏有损伤的药物、手术创伤及营养不良等，均对肝脏有不良影响，可能使急性肝炎难以痊愈，转化成慢性肝炎，或使慢性肝炎向重症肝炎、肝硬化演变。