慢性乙型肝炎目前尚无特异性强、疗效高的药物。有些药物，只能部分抑制病毒复制，调整免疫功能，改善肝功能，不能达到彻底清除病毒，完全治愈的目的。因此治疗的重点仍应是：生活规律，精神愉快，注意饮食，适当活动。在选择用药上应注意以下几个方面：
根据病情，有针对性地用药； 如病毒有复制（HBeAg阳性和/或HBV-DNA阳性），应选用抗病毒药物；免疫功能紊乱，应用调整免疫功能的药物； 肝细胞损伤，可使用保护肝细胞的药物，没有相应的病情，不可滥用相应的药物。
关于抗病毒治疗，有两个误区。一是病人一般都希望有一种抗病毒药物能够彻底治愈乙肝，但目前为止尚无一种药物有如此好的效果，即使国内外专家公认的干扰素和贺普丁，其有效率也分别不超过50%和80%。部分病人认为既然药物的疗效有限，那么干脆不进行抗病毒治疗，这是一个误区。因为有学者研究显示，尽管有些患者经过抗病毒治疗，没有达到完全治愈，但可以延缓病变进展，达到一定的治疗效果。
用药勿多勿滥，坚持少而精的原则； 很多药物要经过肝细胞解毒，用药过多过杂会增加其负担，反而对肝脏不利。一般每次不超过2-3种。如无效，可再换其他药物。不要将所有治疗肝炎的药物都用上去，或无计划地轮换用，这只能增加肝脏的负担，有害而无利。
在用药过程中不应忽视休息、营养不良； 常言道，肝炎的治疗是“三分治疗七分养”。因为药物所起的作用是有限的，只有在保证休息、营养的基础上，才可能发挥作用，忽视休息、营养，仅重视药物治疗，就本末倒置了。
在用药前后须做病毒病原学检查； （血清各种抗原、抗体及HBV-DNA）以便疗效判定； 在用药治疗过程中要定期复查肝功能和血象，高度警惕各种药物的毒副作用。
在用药时要注意“早期、联合、准确”的原则； （1）早期用药，即在HBV-DNA同肝细胞整合前用药。（2）联合用药，即不要单一种药物治疗，可选用2-3种药物联合使用，如抗病毒药物与免疫调节剂作用，疗效较好。（3）准确，即用药剂量要准确，要按疗程治疗。
要坚持按疗程、长期用药的原则； 慢性乙肝程少则半年，多则十几年甚至几十年。不要指望“速战速决”。慢性乙肝的病变好转必须有一个过程，因此一定要坚持按疗程长期服药。一般说，一个疗程为3个月，需要2-3个疗程。
在慢性乙肝治疗过程中，既要注意疾病不同阶段的治疗用药特点，更不可忽视乙肝伴发的其他疾病的内科综合治疗。
现在媒体上宣传各类保肝抗病毒药物很多，但选用该类药物前一定要咨询有关专业人员，根据不同的病情选用，万不可不加选择滥用保肝抗病毒药物，以免花钱而没有效果甚至有反效果的情况发生。