首先，在中国乙肝病毒感染者大多起始于幼龄期，特别是母婴传播，幼龄感染是一个极为不利的因素。幼龄感染是乙肝在中国传播的一个重要因素。研究发现，幼龄感染者中90%可以发展为慢性肝炎，其中又有40%可以发展为肝硬化；而成人感染者中只有5%转为慢性乙肝，其中有15-20%会发展为肝硬化。可见，幼龄感染是乙肝治疗的难点之一。
其次，长期免疫耐受性和疾病谱的多样性是难以攻破的堡垒。乙肝病毒进入体内会刺激体内的免疫系统对之产生识别-清除的过程，但对于很多人来讲，乙肝病毒进入体内后，机体对之不能产生抗体，清除这一过程不能发生，医学上称为免疫耐受状态。研究发现，幼龄感染者多维持长时间免疫耐受。免疫耐受就像一个坚固的堡垒，至今仍没有药物可以打破这个堡垒。另外，乙肝病毒感染的疾病谱是多样的，不同的疾病谱感染的程度及肝脏中病毒的含量各不相同，这也增加了治疗的复杂性。
第三，清除感染肝细胞的复杂性、免疫清除具有双刃性。由免疫耐受期发展为免疫清除期时，肝炎开始发作。人体的免疫清除功能就会对感染乙肝病毒的肝细胞发动攻击。但是免疫清除具有双刃性，它在清除病毒的同时，也会不断破坏肝细胞，而且这个过程常常会因免疫功能的增强而反复螺旋进行，这必将使肝脏组织遭到越来越多的破坏，最终导致严重的肝硬化甚至肝衰竭。
综上所述，无论从病毒因素、患者个体差异因素还是目前治疗情况方面，都说明乙肝治疗是一项科学性很强的、具有相当难度的医疗工程。因此，患者必须到正规医院在有经验的专科医生指导下进行乙肝治疗。同时，患者与医生之间保持密切长期合作、定期复查和随访也是不可忽视的。只有这样医生才能及时了解治疗反应，实施有效的综合治疗。相信随着医学界对病毒以及临床治疗研究的不断深入，新的有效的乙肝治疗方法将会不断涌现，为人类攻克乙肝顽症打开更广阔的空间。
