乙型肝炎病毒携带者血清中容易检出的上述两个抗原都是乙肝病毒的标记物。表面抗原是病毒外膜成分，e抗原是核心成分。核心成分是病毒复制所必需的，核心成分消失则病毒停止复制。而表面抗原的消失则要等病毒在人体内完全被清除后才能做到。因此在乙肝病毒携带者当中e抗原比较容易转为阴性，表面抗原较难转为阴性和需要较长时间。
免疫功能正常的人感染乙肝病毒后，血清中乙肝表面抗原和e抗原都会显出阳性，但正常的免疫功能可以在较短时间内清除乙肝病毒，因此这两个抗原阳性的持续时间大致上不超过一个月。随着e抗体和表面抗体的陆续出现，乙肝病毒感染消失，此后对此病毒的免疫力可维持多年。大多数人的乙肝病毒感染过程就是这样结束的。
可是在乙肝病毒感染者当中约有三分之一是在婴幼儿时期免疫功能还未成熟的时候受感染的，由于乙肝病毒不能在短时间内被清除，机体对乙肝病毒形成了一种免疫耐受状态，就是说免疫系统对乙肝病毒失去了警惕性，任其存在而不加以清除，导致病毒在体内长期存在。一般说来，感染时年龄愈小，带病毒的时间愈长，阴转也愈困难。有部分成年人因各种原因免疫功能降低时，也可使带病毒时间延长。
由于身体免疫功能是一重要因素，所以即使不用药物治疗，表面抗原和e抗原也可以自然转阴，一般认为表面抗原自然阴转率约每年1%，e抗原为20%。在使用药物治疗时必须同时在另一有可比性的人群中不用该药作为对照，治疗组比对照组有显著差别时才能下结论。
能使这两个抗原阴转的药物大致上分为免疫增强药与抗病毒药两类。
增强人体免疫力可以从两个方面来进行。首先是增强体质，方法是增加营养和服用护肝药。其次是增强人体清除病毒的能力，人体免疫分为细胞免疫与体液免疫两大类，清除病毒主要依靠细胞免疫，因此，增强细胞免疫的药物就成为治疗乙型肝炎的常用药物。
必须指出的是，上述药物对表面抗原转阴率仍不理想，而且不同人群的疗效差别很大，例如东方人的疗效不及西方人；婴幼儿期间感染的疗效不如成年人感染者；感染时间愈长，疗效愈差。由于这些药物各有其适应症和禁忌症，必须在有经验的医生指导之下进行治疗和观察其毒、副作用。病者千万不要自行用药，不要听信无科学根据的宣传乱用药物。