1、肝炎复发加重：乙肝病毒对核苷类药发生耐药，首先是药物的作用减弱、甚至没有作用，所以病毒仍能大量复制，血清检查HBV DNA反弹。病毒水平增长到相当水平，就会肝炎复发，血清转氨酶升高，肝脏炎症活跃，“小三阳”可能又回到“大三阳”，使病变进展，使肝硬化增多；少数患者肝脏病变急剧加重，甚至发生肝衰竭，可能导致灾难性的后果。所以，发生了耐药变异，必需要及时处理。　　2、发生交叉耐药：核苷类药只有两类：核苷类和核苷酸类，如拉米夫定和替比夫定同是核苷类，其中一个耐药，另一个多数也会耐药。其实当前的耐药问题主要是拉米夫定，使得大多数替比夫定也耐药，恩替卡韦要用加倍剂量。当前国内还只有一个阿德福韦是核苷酸，与拉米夫定不交叉耐药，但是阿德福韦抗病毒活性最弱，对耐药反弹后病毒水平较高的患者效果很差。所以，一旦发生耐药，你以后抗病毒治疗的路就很窄了。

某种核苷类药发生了耐药变异，不只是减少了一种可用的药物，会牵连其他多种核苷类药。譬如拉米夫定耐药了，对同一类的替比夫定和恩替卡韦都会交叉耐药；对不同类的阿德福韦虽然没有交叉耐药，却也提高了耐药的发生率。以后还要长期用核苷类药，你治疗的路就很窄了。　　在核苷类药治疗过程中已经有效的肝炎患者，不幸发生病毒耐药变异，病毒就会反弹。“大三阳”肝炎患者，E抗原就会延迟转阴，已经转阴的可能逆转阳性。　　因为病毒水平反弹增高，原有的治疗效果随耐药的出现而迅速消失，病情迟早会加重，肝炎都会复发。病情加重急剧的，血清转氨酶飙升，甚至出现黄疸。　　肝组织病变会恶化，在慢性进展性肝病患者，如果肝细胞急速破坏，会发生急性肝衰竭，可能出现灾难性结果。　　耐药变异后肝细胞炎症活动加剧，肝炎的患者可能向肝硬化进展；肝硬化的患者中肝癌的发生率也会增高。

有研究表明，低病毒血症可引起乙肝患者的肝炎再次活动；促进乙肝患者肝纤维化、肝硬化病程的进展；增加肝癌的发病风险，降低肝癌患者的生存率；且与乙肝病毒耐药性有一定关联。当慢性乙肝患者出现低病毒血症，其病毒耐药突变发生率升高，会增加进展为肝硬化及肝癌的风险，也增加了后续治疗的难度，影响治疗效果。因此，及时发现低病毒血症患者，并进行积极处理，有助于改善此类人群的预后。建议目前无论是否接受了抗病毒治疗的慢乙肝患者，均应进行高精度HBV-DNA定量检测