新生儿病理性黄疸与生理性黄疸不同，根据其特点可以相互鉴别。新生儿病理性黄疸是由许多原因组成的一组疾病，常见的几种黄疸原因有：
新生儿溶血：
由于宝宝和妈妈的血型不合，比如妈妈是O型血，宝宝是A型或B型血，妈妈在怀孕过程中产生的血型抗体可通过胎盘引起宝宝血液中红细胞大量破坏而引起黄疸。一般以ABO血型不合较多见，Rh血型不合较少见，但更凶险。
感染性因素：
感染性黄疸是由于病毒感染或细菌感染等原因，致使宝宝肝细胞功能受损害，处理胆红素能力下降，引起血液中胆红素水平上升而发生的黄疸。病毒感染多为宫内感染，以巨细胞病毒和乙型肝炎病毒感染最常见，其他感染有风疹病毒、EB病毒、弓形体等较为少见。黄疸的特点是生理性黄疸后持续不退或生理性黄疸消退后又再次出现持续性黄疸。
围产期相关的因素：
一些宝宝出生前以及出生后存在的高危因素也能引起血液中胆红素水平明显升高，比如妈妈在怀孕期间有糖尿病和高血压，或在分娩过程中使用过催产素；宝宝在出生时有窒息抢救史、或经产道挤压有头颅血肿；宝宝在出生后奶量摄入不足，或胎粪排出延迟等等。
母乳性黄疸：
目前病因尚不完全明了，推测可能与母乳中含有的一种酶有关，它能分解结合胆红素，引起血液中胆红素升高。早期临床表现与生理性黄疸相似，晚期血液中胆红素值逐渐上升超过正常范围，但宝宝一般情况较好，只需停母乳观察3-5天，黄疸便会逐渐减轻，预后良好。
G6P-D缺乏症：
医学上俗称“蚕豆病”。顾名思义，是由于宝宝体内缺少一种叫做G6D-P的酶，它会影响胆红素的代谢，从而引起宝宝血液中胆红素升高，多见于两广地区，属于一种遗传性疾病。患此类疾病的宝宝多在生后2周内出现黄疸，目前尚无根治方法，以预防为主。
先天性胆道闭锁：
由于胆汁排泄障碍，宝宝血液中的胆红素不断升高，表现为宝宝出生后最初的一段时间内跟其他正常宝宝一样，但在生后3-4周出现皮肤偏黄，日渐加深至黄绿色，甚至出现精神烦躁不安、易哭吵，大便颜色逐渐转淡或外黄内白。
