包皮为男性外生殖器的组成部分，有重要的生理功能。医学界一直在进行包皮功能方面的研究，随着研究的深入，对包皮的功能也有了更新的理解和认识。目前，医学界比较公认的包皮的功能有以下几点：
首先，包皮覆盖阴茎头，对阴茎头起到保护作用。在原始人类，这个功能显得更为突出，原始人类由于要进行狩猎等活动，在深山老林里经常有各种蚊虫叮咬，由于阴茎头是比较敏感、易受刺激的部位，所以由于包皮的覆盖，能使得人群更为方便的完成各种活动。现代人类，已经不在进行狩猎的原始活动，并且都穿着得体，特别是棉质做工考究的内裤，增加了对生殖器的保护。但是，包皮作为几千年人类进化的结果，其保护作用不容忽视。
另外，有观点认为，由于包皮覆盖了阴茎的龟头，性生活过程中，可以减缓和分担对龟头的刺激，从而使延缓射精防止早泄。再者，包皮在性生活中起到润滑作用。包皮的结构比较精巧，可以自由滑动，这是其他任何器官都不可比拟的，包皮的内板有分泌作用，分泌物像润滑剂一样，可以增加性生活中的柔润和快感。可以想见，没有了包皮的这种润滑功能，性生活中阴茎的摩擦力过大，会使得夫妇双方感觉都不舒服，影响性生活的质量。单纯认为包皮过长可以引起炎症的观点是不很全面的。这里就涉及到包皮的另外一个功能：包皮分泌物中本来就有抗菌的成分，其中比较明确的就有溶菌酶，发挥杀灭病菌的作用。
但是，由于包皮腔的潮湿温润环境，细菌可就更易在此繁殖。这就是一个平衡的问题，如果细菌的生长超过了包皮的自净功能，那么，就可能会发生包皮的炎症。另外，如上所述，包皮内板有很多分泌腺，分泌物可起到润滑作用，分泌物的蓄积、不能正常被清洗清除，也会有利于细菌的繁殖，造成包皮炎症。
包皮位於阴茎前端，是包住龟头的双层折叠的阴茎皮肤。翻转包皮，可见龟头后面呈环状缩小部位叫做冠状沟。在冠状沟附近的皮肤里有许多皮脂腺，分泌一种具有臭味的分泌物，呈黄白色泥状，称为“包皮垢”。
刚出生时，包皮是和龟头紧密相连的，这时期如果勉强用力将包皮拉到龟头後面，常会造成受伤而引起疼痛、出血甚至造成疤痕，导致日後包皮出囗狭窄及小便困难和反覆发炎。婴儿时期，包皮可以保护龟头和尿道与尿布直接触，可减少皮肤炎、疼痛及尿道口狭窄。
一个男子，特别是在7岁以前，包皮都比较长，遮盖了整个阴茎头及尿道外口。到了三岁左右时包皮和龟头就会自行分离，这时就比较容易将包皮拉到龟头後面。以后随着青春发育，阴茎体积增大，长度增长，包皮会向后退缩，使阴茎头和尿道口暴露在包皮之外。
如果到了成年，包皮口狭窄，或包皮与阴茎头仍然粘连，包皮不能上翻，露出尿道口或阴茎头，在医学上称之为包茎。
如果包皮虽然能上翻露龟头，但包皮口很小，盖没尿道外口，就称包皮过长。
若有尿道下裂的情形，则包皮可用来做尿道的修补。当孩子渐渐长大，包皮可用来保护龟头及尿道囗的意外伤害。
常见的伤害有，包皮被拉链绞伤、或烫伤，要是没有包皮，则龟头及尿道将直接受到伤害。