有原发病者积极治疗原发病（如呆小病等）。治疗单纯性便秘的根本在於改善饮食内容，多补充水份和含纤维素多的食物（如谷物、蔬菜等）。同时训练排便习惯。药物治疗只在必要时临时使用。
1、人乳喂养婴儿的饮食矫正
人乳喂养婴儿较少发生便秘。如果发生，除喂人乳外，加用润肠辅食，如加糖的菜水或桔子汁（应用新鲜桔子挤汁，市售瓶装桔汁开瓶后易污染）、番茄汁、煮山楂或红枣水。4个月以上可加菜泥或煮熟的水果泥。母乳不足时，可加1-2次加8%糖的牛乳。蜂蜜水每日60～90ml，也有帮助。
2、人工喂养婴儿的饮食矫正
人工喂养儿较易便秘，但如合理加糖及辅食，可避免便秘。如果发生，可将牛乳加糖增至8%，并可加喂果汁（如番茄汁、桔汁、菠萝汁、枣汁以及其他煮水果汁），以刺激肠蠕动。较大婴儿，可加菜泥、菜末、水果、粥类等辅食。再大一些可加较粗的谷类食物如玉米粉、小米、麦片等制成粥。在1-2周岁，如已加了各种辅食，每日牛奶量500ml即够，可多吃粗粮食品、红薯、胡萝卜及蔬菜。有条件者可加琼脂果冻。营养不良小儿便秘，要注意补充营养，逐渐增加入量，营养情况好转后，腹肌、肠肌增长、张力增加，排便自然逐渐通顺。
3、训练习惯
排大便是反射性运动，小儿经过训练能养成按时排便的习惯。一般三个月以上婴儿可开始训练，清晨喂奶后由成人两手扶持，或坐盆或排便小椅，连续按时执行半至一个月即可养成习惯。养成后不要随意改动时间。对年长儿慢性便秘，除鼓励其多运动、多进纤维多的食物外，亦应使其按时通便，养成良好习惯。
4、中医治疗
中医认为慢性便秘多系津亏肠燥所致，治以滋阴润肠法。轻者可用单味郁李仁，每次嚼服3-5粒，每日1-2次，或隔日服。较重者常用三仁丸（瓜蒌仁、郁李仁、火麻仁各等量做密丸，每丸3g）每次1丸，每日1-2次，年幼者减半。年长儿可服麻仁滋脾丸，每日1-2丸，通便后停服。
5、其他疗法
幼儿可在每晚睡前服镁乳每次0.5～1ml/kg，或液状石蜡每次0.5ml/kg，也可二药制成合剂使用，可免单用石蜡油易自肛门漏出。以上药物可连用3～5日，同时次晨训练大便。为免吸入，婴儿不用石蜡油。儿童还可用酚酞每次3mg/kg，睡前服。急性便秘或粪块嵌塞，可用开塞露（甘油和山梨醇制剂）5～10ml注入肛内，刺激直肠引起排便；在家中可用小肥皂条插入婴儿肛门通便，也可用小指戴像皮手套蘸少量石蜡油或凡士林，插入肛门通便。灌肠的方法刺激强，易养成习惯，非特殊需要时不采用。