由于输卵管管腔或周围的炎症，引起管腔通畅不佳，阻碍受精卵孕卵正常运行，使之在输卵管内停留着床发育，导致输卵管妊娠流产或破裂。
导致异位妊娠的原因有以下几种：
1、输卵管炎症
可分为输卵管黏膜炎和输卵管周围炎，两者均为输卵管妊娠的常见病因。输卵管黏膜炎严重者可引起管腔完全阻塞而致不孕，轻者输卵管黏膜黏连和纤毛缺损影响受精卵的运行受阻而在该处着床。
输卵管周围炎病变主要在输卵管的浆膜层或浆肌层，常造成输卵管周围黏连，输卵管扭曲、管腔狭窄、管壁肌蠕动减弱，影响受精卵的运行。淋菌及沙眼衣原体所致的输卵管炎常累及黏膜，而流产或分娩后感染往往引起输卵管周围炎。
2、输卵管手术
输卵管绝育术后若形成输卵管再通或瘘管，均有导致输卵管妊娠可能，尤其是腹腔镜下电凝输卵管绝育及硅胶环套术；因不孕经接受过输卵管分离黏连术，输卵管成形术，如输卵管吻合术、输卵管开口术等；曾患过输卵管妊娠的妇女，再次发生输卵管妊娠可能大，不论是输卵管切除或保守性手术后，再次输卵管妊娠的发生率约为10%～20%。
3、放置宫内节育器（IUD）
IUD与异位妊娠发生的关系，已引起国内外重视。随着IUD的广泛应用，异位妊娠发生率增高，其原因可能是由于使用IUD后的输卵管炎所致。另一方面，由于放置宫内节育环的异物反应，引起宫内白细胞及巨噬细胞大量聚集，改变了宫内环境，妨碍了孕卵着床，但不能完全阻止卵子在输卵管内的受精和着床，因此使圈IUD者一旦妊娠，则异位妊娠机会相对增加。
4、输卵管发育不良或功能异常
输卵管发育不良常表现为输卵管过长，肌层发育差、黏膜膜纤毛缺乏。其他还有双输卵管、憩室或有副伞等，均可成为输卵管妊娠的原因。输卵管功能受雌、孕激素的调节。若雌孕激素分泌失常，可影响受精卵的正常运行。此外，精神因素也可引起输卵管痉挛和蠕动异常，干扰受精卵的运送。
5、受精卵游走卵子在一侧输卵管受精，受精卵经宫腔或腹腔进入对侧输卵管称受精卵游走。移行时间过长，受精卵发育增大，即可在对侧输卵管内着床形成输卵管妊娠。
6、辅助生育技术
从最早的人工授精到目前常用促排卵药物应用，以及体外受精–胚胎移植（1VF—ET）或配子输卵管内移植（GIFT）等，均有异位妊娠发生，且发生率为5%左右，比一般原因异位妊娠发生率为高。其相关易患的因素有术前输卵管病变、盆腔手术史、移植胚胎的技术因素、置入胚胎的数量和质量、激素环境、胚胎移植时移植液过多等。
7、其他输卵管
因周围肿瘤如子宫肌瘤或卵巢肿瘤的压迫，特别是子宫内膜异位症引起输卵管、卵巢周围组织的黏连，也可影响输卵管管腔通畅，使受精卵运行受阻。也有研究认为胚胎本身的缺陷、人工流产、吸烟等也与异位妊娠的发病有关。